Cave Story

Der Spieler erwacht in einer Höhle und weiß nicht mehr, wie er dort hingekommen ist. Er findet ein Dorf von Mimigas, die vom Doktor verfolgt werden. Die Diener des Doktors, Misery und Balrog, sind auf der Suche nach Sue Sakamoto, einem Mädchen, das in einen Mimiga verwandelt worden war. Da sie sie nicht finden, entführen sie stattdessen irrtümlich eine andere Mimiga namens Toroko. Der Spieler findet Sue im Eier-Korridor, wo sie die Eier eines Himmelsdrachens entdeckt, die es ihr ermöglichen könnten, der schwimmenden Insel zu entkommen, wenn sie ausgebrütet werden. Sue versucht, ihren Bruder Kazuma zu retten, aber King, der Anführer des Mimiga-Dorfes, nimmt sie gefangen und macht sie für Torokos Entführung verantwortlich. Sue beauftragt den Spieler damit, Kazuma aus Grasstown zu befreien. Nachdem sie ihn befreit haben, treffen sie Professor Booster, der enthüllt, dass der Doktor plant, die roten Blumen auf Mimigas zu benutzen, um eine Armee zu schaffen, die die Oberflächenwelt übernehmen soll. Booster schickt den Spieler in die Sandzone, um die roten Blumen zu zerstören, bevor der Doktor sie finden kann. Dort trifft der Spieler Curly Brace, einen weiblichen Roboter, der ebenfalls keine Erinnerungen an seine Vergangenheit hat, und Jenka, eine alte Hexe, die Misery's Mutter und Hüterin der roten Blumen ist. Jenka bezeichnet den Spielercharakter als "Soldat von der Oberfläche", einen von vielen, die auf die Insel geschickt wurden, um die Mimigas zu töten.

Misery bringt den Spieler zur Strafe dafür, dass er die Pläne des Doktors durchkreuzt hat, in das Labyrinth tief im Inneren der Insel. Curly Brace wurde ebenfalls in das Labyrinth geworfen und sie arbeiten zusammen, um zu entkommen. Balrog hilft ihnen, den Felsbrocken zu entfernen, der den Ausgang blockiert, und offenbart dabei sein freundliches Wesen. Die beiden finden und besiegen den Kern, eine magische Kreatur, deren Kraft die Insel über Wasser hält. Doch der Doktor greift ein, um die Insel zu retten, bevor sie zusammenbricht. Unter bestimmten Bedingungen kann der Spieler Curly Brace retten, die ihren Lufttank geopfert hat, um den Spielercharakter zu retten. Als er ins Mimiga-Dorf zurückkehrt, muss er feststellen, dass der Doktor die Mimigas gefangen genommen hat. Im Eierkorridor bietet Kazuma dem Spieler an, mit ihm von der Insel zu fliehen, indem er einen Himmelsdrachen benutzt, was zu einem alternativen Ende führt, in dem der Doktor die Oberflächenwelt erobert, während Kazuma und der Spieler sich in den Bergen verstecken. Der Spieler kann sich stattdessen dafür entscheiden, den Doktor zu konfrontieren und den Kern der Insel zu zerstören, was die Mimigas wieder in den Normalzustand versetzen würde. Der Spieler erklimmt die Außenmauer der Insel, um zur Plantage zu gelangen, wo der Doktor die Mimigas als Sklavenarbeiter einsetzt, um rote Blumen anzubauen. Die Diener des Doktors nehmen ihn gefangen und stecken ihn mit Sue in eine Gefängniszelle. Sie wird weggebracht, bevor der Spieler aufwacht, aber ihr Brief enthüllt, dass der Doktor ein Mitglied der Forschungsexpedition war, zu der auch Sues Familie und Professor Booster gehörten, aber er verriet sie, als er die Dämonenkrone fand. Sue weist den Spieler an, ihre Mutter zu finden, die vielleicht einen Plan hat, um den Doktor aufzuhalten.

Wenn der Spieler Curly Brace zuvor gerettet hat, kann er einen Gegenstand finden, der ihre Erinnerungen wiederherstellt. Sie erinnert sich daran, dass die Spielerfigur Quote heißt und dass sie nicht die Killerroboter waren, die in der Vergangenheit die Mimigas abgeschlachtet haben. Stattdessen wurden sie geschickt, um die Dämonenkrone zu zerstören, damit ihre Macht nicht in die falschen Hände gerät. Quote findet Sues Mutter Momorin, die eine Rakete baut, mit der man auf die Spitze der Insel gelangen kann, auf der der Doktor wohnt. Nachdem er ihr geholfen hat, die Rakete fertigzustellen, konfrontiert Quote Misery und den Doktor. Der Doktor hat die Essenz der roten Blumen in einen Kristall gereinigt, der ihm das Überleben ermöglicht, auch nachdem Quote seinen Körper zerstört hat. Der Geist des Doktors besitzt den Kern der Insel, aber Quote gelingt es, auch diesen zu zerstören, wodurch die Insel beginnt, auf die Erde zu fallen. Unter bestimmten Bedingungen kann der Spieler in eine Bonusphase namens Blutbeflecktes Heiligtum gelangen, in der der Erschaffer der Dämonenkrone, Ballos, gefangen gehalten wird. Ballos, der Bruder von Jenka, war ein mächtiger Zauberer, der nach einer Folterung wahnsinnig wurde. Das Elend zwang Ballos, die Dämonenkrone zu erschaffen, aber sie und Balrog wurden verflucht, demjenigen zu dienen, der sie besitzt. Mit Hilfe von Curly Brace besiegt Quote Ballos und stoppt die Quelle der negativen Energie, die den Untergang der Insel verursachte, und rettet so ihre Bewohner. Balrog rettet die beiden, bevor sie von Ballos' einstürzendem Gefängnis erdrückt werden - er war von Misery als Dank für das Brechen ihres Fluchs geschickt worden. Quote, Curly Brace und Balrog verlassen die Insel, um ihren Lebensabend in Frieden zu verbringen.