Famicom Detective Club: The Girl Who Stands Behind

Die Prologszene zeigt eine Herbstnacht, in der ein 15-jähriger Junge (der Protagonist des Spiels) auf der Flucht vor zwei Polizeibeamten ist. Ein Mann, der von der Polizei respektiert wird, beschließt, sich selbst um die Situation zu kümmern. Der Mann nimmt den Jungen mit in ein Kaffeehaus, wo der Junge erklärt, dass er aus seinem Waisenhaus weggelaufen ist, um den Aufenthaltsort seiner Eltern zu finden. Der Mann stellt sich als Privatdetektiv namens Shunsuke Utsugi vor und überredet den Jungen, sein Assistent zu werden.

Einige Monate später erhalten Utsugi und der Protagonist einen Anruf, um einen Tatort zu überprüfen. Bei dem Mordopfer handelt es sich um ein Schulmädchen namens Yoko Kojima. Der Protagonist beginnt, Informationen von der Ushimitsu High School zu sammeln, um den Fall Yoko zu lösen und ihn mit dem Fall Genjiro Kaneda in Verbindung zu bringen. Dabei hilft ihm die Hilfe von Yokos zwei Freunden aus der High School, einem Mädchen namens Ayumi Tachibana und einem Jungen namens Hitomi Kawaii. Bald stellt sich heraus, dass Yoko tief in eine Untersuchung über "Das Märchen vom Mädchen, das zurückbleibt" verwickelt war, ein Gerücht, das den Geist eines blutgetränkten Mädchens beinhaltet, das hinter einem Schüler steht, und das Trio macht sich auf, die Wahrheit hinter diesem Gerücht zu entdecken.