Half-Life 2

Gordon Freeman wird vom G-Man aus der Stasis geholt und in einen Zug gesetzt, der in City 17 ankommt. Nach der Ankunft am Bahnhof und der Flucht vor den Kombinatstruppen schließt sich Gordon Lambda-Widerstandsmitgliedern an, darunter Barney Calhoun, ein ehemaliger Sicherheitsbeamter von Black Mesa, der jetzt undercover als KP-Offizier des Kombinats arbeitet, und Alyx Vance, die Tochter von Dr. Eli Vance, einem von Gordons ehemaligen Kollegen. Nach einem fehlgeschlagenen Versuch, Gordon von Dr. Kleiners behelfsmäßigem Labor nach Black Mesa East zu teleportieren, ist Gordon, der wieder mit dem HEV-Anzug und einem Brecheisen ausgerüstet ist, gezwungen, sich zu Fuß durch das alte Kanalsystem der Stadt zu bewegen. Nachdem er sich ein Luftkissenboot besorgt hat, kämpft er sich nach Black Mesa East vor, das mehrere Meilen von der Stadt entfernt liegt.
Gordon lernt Eli wieder kennen und trifft Dr. Judith Mossman. Alyx stellt Gordon ihren großen Haustierroboter D0g vor und gibt ihm eine "Gravity Gun", eine Waffe, mit der Gordon jedes große Objekt mit Leichtigkeit aufheben und bewegen kann. Black Mesa East wird bald von den Kombinaten angegriffen, und Eli und Mossman werden gefangen genommen und in ein Kombinatsgefängnis, Nova Prospekt, gebracht. Gordon und Alyx sind gezwungen, auf getrennten Wegen nach Nova Prospekt zu gelangen. Gordon nimmt einen Umweg über die Stadt Ravenholm und erhält Hilfe von ihrem letzten Überlebenden, Vater Grigori. Nachdem er sich seinen Weg durch die Stadt und eine Mine gebahnt hat, gelangt Gordon zu einem Außenposten des Widerstands. Gordon erhält einen Dünenbuggy, mit dem er auf einer verfallenen Küstenstraße nach Nova Prospekt fährt. Auf dem Weg dorthin trifft Gordon häufig auf Patrouillen der Kombinate und hilft einem der Anführer des Widerstands, Colonel Odessa Cubbage, einen Stützpunkt des Widerstands gegen ein Kampfschiff der Kombinate zu verteidigen.
Nachdem er einen von Ameisen befallenen Strand überquert hat, gelangt Gordon nach Nova Prospekt, wo er wieder mit Alyx zusammentrifft. Es gelingt ihnen, Eli ausfindig zu machen, aber sie entdecken auch, dass Mossman eine Informantin des Kombinats ist. Bevor sie sie aufhalten können, teleportiert sie sich und Eli zurück in die Zitadelle von City 17. Der Teleporter des Kombinats explodiert, als Gordon und Alyx ihn benutzen, um Nova Prospekt zu verlassen.
In Kleiners Labor angekommen, offenbart ein erschütterter Dr. Kleiner Gordon und Alyx, dass sie in einem "langsamen Teleport" gefangen waren, während dessen eine Woche vergangen war. Während ihrer Abwesenheit hat der Widerstand, der von den Ereignissen am Nova Prospekt erfahren hat, gegen das Kombinat mobil gemacht und City 17 in ein Schlachtfeld verwandelt. Während der Kämpfe wird Alyx vom Kombinat gefangen genommen und zur Zitadelle gebracht, und Gordon kämpft sich mit Hilfe von D0g und Barney durch die Stadt, um sie zu erreichen. In der Zitadelle gerät er in eine Konfiskationskammer des Kombinats, in der alle seine Waffen bis auf die Gravitationskanone zerstört werden, wobei die Energie ihre Fähigkeiten verbessert und es Gordon ermöglicht, zu entkommen und ganze Züge von Kombinatssoldaten zu erledigen.
Schließlich wird Gordon in einer Transportkapsel der Combine gefangen genommen und in das Büro von Dr. Breen gebracht, wo er und Dr. Mossman mit Eli und Alyx in Gefangenschaft warten. Dr. Breen beginnt, seine Pläne für die weitere Eroberung der Menschen durch das Kombinat zu erläutern, im Gegensatz zu dem, was er Dr. Mossman erzählt hatte. Verärgert befreit Mossman Gordon, Alyx und Eli, bevor Breen sie aus der Welt teleportiert. Dr. Breen versucht, durch ein Portal zu entkommen, aber Gordon verfolgt ihn und zerstört den Portalreaktor mit der supergeladenen Schwerkraftkanone. Breen scheint in der daraus resultierenden Explosion ausgelöscht zu werden. Kurz bevor Gordon und Alyx vermutlich ein ähnliches Schicksal ereilt, wird die Zeit eingefroren. Der G-Man taucht wieder auf und lobt Gordon für seine Taten in City 17 und der Zitadelle. Mit einer vagen Erwähnung von "Angeboten für [Gordons] Dienste" versetzt der G-Man ihn zurück in die Stasis.