Halo 3

Nach den Ereignissen der Comicverfilmung Halo: Uprising stürzt der Master Chief in Ostafrika ab, wo er von Johnson und dem Arbiter gefunden wird. Der Chief, Johnson und seine Begleiter kämpfen im Dschungel gegen den Covenant und erreichen einen UNSC-Außenposten. Hier planen Keyes und Lord Hood einen letzten Versuch, den Anführer des Covenant, den Hohen Propheten der Wahrheit, daran zu hindern, ein Forerunner-Artefakt zu aktivieren, das vor den Ruinen der Stadt New Mombasa entdeckt wurde. Der Chief räumt die Luftabwehr des Covenant aus, damit Hood die letzten Schiffe der Erde gegen den Propheten führen kann, aber Truth aktiviert das vergrabene Artefakt und schafft ein Slipspace-Portal, in das er und seine Anhänger eindringen. Ein von der Sintflut verseuchtes Schiff stürzt in der Nähe ab; Elitetruppen treffen ein und vergasen die von der Sintflut verseuchten Gebiete der Erde, um die Bedrohung zu stoppen. Nach einer Nachricht, die Cortana an Bord des Flood-Schiffs hinterlassen hat, folgen der Chief, Arbiter, die Elitesoldaten, Johnson, Keyes und ihre Truppen Truth durch das Portal. Zu ihnen gesellt sich 343 Guilty Spark, der dem Chief hilft, da er nach der Zerstörung seiner Ringwelt keine Funktion mehr hat, die er erfüllen könnte.
Auf ihrer Reise durch das Portal entdecken die Menschen und Eliten eine riesige künstliche Struktur, die als Arche bekannt ist, weit jenseits der Grenzen der Milchstraßengalaxie. Hier kann Truth alle Halos aus der Ferne aktivieren. Die Flood kommen in voller Stärke an Bord der High Charity und beginnen, die Anlage zu befallen. Truth nimmt Johnson gefangen, da er einen Menschen braucht, um die Forerunner-Technologie zu nutzen. Keyes wird bei einem Rettungsversuch getötet, und Johnson ist gezwungen, die Ringe zu aktivieren. Gravemind schließt einen Waffenstillstand mit dem Chief und dem Arbiter, um Truth aufzuhalten. Der Arbiter, der Master Chief und die Flood-Truppen treffen ein, überwältigen Truths Wachen, befreien Johnson und verhindern die Aktivierung der Anlagen. Nachdem der Arbiter Truth getötet hat, wendet sich Gravemind gegen den Chief und den Arbiter.
Der Chief, Arbiter und Guilty Spark entdecken, dass die Arche einen weiteren Halo baut, um den zu ersetzen, den der Chief zuvor zerstört hat. Der Chief beschließt, diesen Halo zu aktivieren; die Ringwelt würde die Flood-Plage auf der Arche beseitigen und die Galaxie als Ganzes vor der Zerstörung bewahren. Um den Ring zu aktivieren, rettet der Chief Cortana, die den Aktivierungsindex des zerstörten Halos besitzt, aus High Charity und zerstört die Stadt. Auf dem neuen Halo angekommen, warnt Cortana, dass Gravemind versucht, sich auf dem Ring neu zu errichten. Der Chief, Arbiter und Johnson reisen zum Kontrollraum von Halo, um den Ring zu aktivieren. Guilty Spark erklärt, dass der Ring noch nicht vollständig ist und eine verfrühte Aktivierung ihn und die Arche zerstören würde. Als Johnson seine Warnung ignoriert, verwundet Guilty Spark ihn tödlich, um "seinen" Ring zu schützen. Der Chief vernichtet Guilty Spark, aktiviert den Ring und entkommt der Selbstzerstörung des Rings auf der UNSC-Fregatte Forward Unto Dawn. Die Wucht von Halos Explosion lässt jedoch das Slipspace-Portal kollabieren, so dass nur die vordere Hälfte der Forward Unto Dawn mit dem Arbiter an Bord zur Erde zurückkehren kann.
Auf der Erde findet ein Gedenkgottesdienst für die gefallenen Helden des Krieges zwischen den Menschen und den Covenants statt, bei dem der Arbiter und Lord Hood kurz ein paar Worte über den gefallenen Master Chief wechseln. Nach dem Gedenkgottesdienst brechen der Arbiter und seine Elitebrüder zu ihrem Heimatplaneten Sanghelios auf. Währenddessen treibt die hintere Hälfte der Forward Unto Dawn im unbekannten Raum. Cortana setzt ein Notsignal ab, räumt aber ein, dass es viele Jahre dauern könnte, bis sie gerettet werden. Der Chief fällt in einen kryonischen Schlaf und sagt Cortana: "Wecken Sie mich, wenn Sie mich brauchen." Wenn das Spiel auf dem Schwierigkeitsgrad "Legendär" abgeschlossen wird, zeigt die Szene weiterhin, wie der Teil von "Forward Unto Dawn" auf einen unbekannten Planeten zu driftet, der in der Fortsetzung als "Requiem" bekannt ist, dem Hauptschauplatz der Kampagne von Halo 4.