Master of Orion II: Battle at Antares

Lange vor der Zeit, in der das Spiel spielt, führten zwei äußerst mächtige Völker, die Orions und die Antaraner, einen Krieg, der einen Großteil der Galaxie verwüstete. Die siegreichen Orions haben die Antaraner nicht ausgerottet, sondern sie in einer Taschendimension gefangen gehalten, bevor sie die Galaxie verließen und ein sehr mächtiges Roboter-Kriegsschiff, den Guardian, zurückließen, um ihre Heimatwelt zu schützen.
Einige Zeit nach Spielbeginn beginnen die Antaraner, nachdem sie aus ihrer Gefängnisdimension ausgebrochen sind, immer mächtigere Flotten gegen die Kolonien der Spieler zu schicken, um diese zu zerstören, anstatt in sie einzudringen. Die einzige Möglichkeit, sie zu stoppen, besteht darin, den Kampf durch ein Dimensionsportal in ihr Heimatuniversum zu tragen.