Nier: Automata - The End of Yorha Edition

Der erste und der zweite Durchlauf folgen den jeweiligen Ansichten von 2B und 9S während einer ersten Invasion. Nachdem sie eine Route für künftige Missionen eröffnet haben, werden sie ausgesandt, um die Bedrohung durch die Maschinen für den Widerstand zu beseitigen, der von Anemone angeführt wird, die die beiden unterstützt. Während ihrer Missionen entdecken 2B und 9S, dass die Maschinen menschliche Gesellschaften und Konzepte erforschen. Die beiden arbeiten mit einer pazifistischen Maschinengruppe zusammen, die von Pascal angeführt wird; sie kämpfen gegen Adam und Eve, physische Manifestationen des Maschinennetzwerks, die enthüllen, dass ihre Schöpfer vor Jahrhunderten zerstört wurden, und treffen auf A2, einen abtrünnigen Androiden auf der Flucht vor YoRHa. Adam wird von 2B getötet, nachdem er 9S gefangen genommen hat. Während er sich erholt, entdeckt 9S eine Störung in den YoRHa-Servern, als er sich mit 2B synchronisiert, und erfährt, dass die Menschheit lange vor der Invasion der Außerirdischen ausgestorben war. Ihr letztes Überbleibsel ist ein Server auf dem Mond, der die unvollständigen Genomreste der Menschheit enthält. YoRHa hält den Mythos ihres Überlebens aufrecht, um die Moral aufrechtzuerhalten und den Androiden einen "Gott" zu geben, für den sie kämpfen können. Nach Adams Tod wird Eve vor Trauer wahnsinnig und treibt die von ihm befehligten Maschinen in einen Rausch. 2B und 9S töten Eve, um den Amoklauf zu beenden, aber 9S wird mit Eves Logikvirus infiziert und zwingt 2B, ihn zu töten. Das Bewusstsein von 9S überlebt jedoch innerhalb des lokalen Maschinennetzes.

Der dritte Durchlauf beginnt, als YoRHa eine groß angelegte Invasion startet. Ein Angriff mit einem Logikvirus, der durch den von 9S zuvor entdeckten "Glitch" ausgelöst wurde, zerstört alle YoRHa-Einheiten, einschließlich derer im Bunker, mit Ausnahme von 2B und dem wiederhergestellten 9S. 2B und 9S werden in der Folgezeit getrennt, und 2B wird mit dem Logikvirus infiziert. Als sie von A2 entdeckt wird, lädt 2B ihre Erinnerungen in ihr Schwert und bittet sie, sich um 9S zu kümmern. Die unwissende 9S wird Zeuge, wie A2 2B gnadenlos tötet und schwört ihr Rache. Gleichzeitig erhebt sich ein von den Maschinen geschaffener Turm aus dem Land und trennt die beiden, bevor sie kämpfen können. Vierzehn Tage nach diesen Ereignissen teilt sich die Perspektive zwischen A2 und 9S. A2 - die Überlebende eines Testlaufs für YoRHa - fühlt sich in die Maschinen ein; sie wird Zeuge, wie Pascals Dorf zerstört wird und seine "Kinder" aus Angst Selbstmord begehen, wenn sie angegriffen werden. Pascal bittet A2, entweder sein Gedächtnis zu löschen oder ihn zu töten; A2 kann beides tun oder ihn verlassen. Eine zunehmend unausgeglichene 9S untersucht die Ressourcen-Sammelplattformen des Turms, kämpft gegen die Überreste der Maschinen und erfährt, dass der Turm so konstruiert ist, dass er eine Rakete auf den Mond-Server abfeuern kann. Beide betreten schließlich den Turm, wobei sich Devola und Popola opfern, um ihn zu öffnen.