Prototype 2

Zwei Jahre nach den Ereignissen des Originalspiels entdeckt Sergeant James Heller nach seiner Rückkehr von einem Einsatz im Irak, dass seine Frau und seine Tochter für tot erklärt wurden, was ihn dazu veranlasst, sich wieder dem Militär anzuschließen, um in NYZ gegen den Blacklight-Virus zu kämpfen. Heller wird über die früheren Ausbrüche in Idaho in den 60er Jahren und in NYZ in den Ereignissen des ersten Spiels unterrichtet. Später findet er Mercer und beginnt, ihn zu jagen.

Als er Mercer aus Rache verfolgt, wird Heller von Mercer mit einem Stamm infiziert, der ihn mit ähnlichen übermenschlichen Fähigkeiten ausstattet. Nach einem Blackout erwacht Heller in einem Labor der Gelben Zone, wo der Gentek-Wissenschaftler Dr. Anton Koenig und Blackwatch-Oberst Douglas Rooks an ihm experimentieren. Heller flieht aus der Gentek-Basis, als Mercer ihn zur Rede stellt und behauptet, Gentek und Blackwatch seien für die Wiederherstellung und Kultivierung des Blacklight-Virus verantwortlich, was sie für die zweite Infektion und den Tod von Hellers Familie verantwortlich macht. Mercer enthüllt seine Pläne, Gentek und Blackwatch auszuschalten, und bietet Heller einen Waffenstillstand an. Im Zweifel über Mercers Absichten wendet sich Heller an seinen örtlichen Pfarrer, Pater Luis Guerra, der ihn um Rat und Hilfe bittet.

Mit Hilfe der von Guerra gelieferten Informationen hackt sich Heller in Blacknet-Terminals ein, um eine Reihe von Operationen zu sabotieren. Nach und nach frisst sich Heller durch Blackwatch und trifft schließlich auf Koenig, der behauptet, auf seiner Seite zu stehen, und Blackwatchs Supersoldatenprogramm mit dem Codenamen "Orion" enthüllt. Heller verhindert den Fortschritt von Project: Orion, indem er einen Supersoldaten tötet, dem seine DNA injiziert wurde. Nachdem er einen der leitenden Wissenschaftler getötet hat, findet Heller heraus, dass Koenig ihn beobachtet hat, um seine Schwächen zu finden. Wütend über Koenigs Verrat spürt Heller ihn auf, nur um festzustellen, dass er ähnliche Kräfte wie er und Mercer besitzt und einer von mehreren "Evolved"-Agenten ist, die Mercer in Gentek und Blackwatch eingeschleust hat. Nachdem er den Doktor besiegt und verzehrt hat, offenbart Mercer Heller, dass er ihn rekrutieren will, um NYZ zu kontrollieren. Guerra zeigt Heller ein Videoband, auf dem zu sehen ist, wie Mercer das Virus zum zweiten Mal in der Penn Station freisetzt, demselben Ort, an dem Mercer das Virus ursprünglich freigesetzt und sich angesteckt hat.

Heller ist wütend über Mercers Täuschung und macht sich auf den Weg in die Grüne Zone, um Mercers Handlanger zu jagen, darunter auch eine Evolved-Agentin in Gentek namens Sabrina Galloway. Als Heller Galloway begegnet, tut er sich jedoch widerwillig mit ihr zusammen, als sie ihm offenbart, dass sie ihm helfen kann, Mercer zur Strecke zu bringen. Mit Galloways Hilfe findet Heller bald heraus, dass Mercer plant, die ganze Welt mit "Whitelight" zu infizieren, einem verseuchten Impfstoff, der von Gentek freigesetzt wurde und die Infektion und Evolution eher beschleunigt als verhindert.

Aus Frustration darüber, dass Heller seine Pläne sabotiert, tötet Mercer Pater Guerra. Als er seine Leiche findet, benutzt der trauernde Heller jedoch Guerras Telefon, um Athena zu erreichen, Guerras Kontaktperson, die sich als Dana Mercer entpuppt. Dana erklärt, dass Hellers Tochter Maya noch am Leben ist, was Heller dazu veranlasst, sich in die Rote Zone zu begeben, um Mercer auszuschalten und Maya zu retten. Nachdem er den zweiten Versuch von Blackwatch, Manhattan Island zu zerstören, verhindert hat, hilft Rooks Heller, seine Tochter zu erreichen, aber Galloway verrät ihn und bringt Maya zu Mercer. Als er Mercer zur Rede stellt, offenbart er, dass er internationale Konflikte und Weltprobleme lösen will, indem er die gesamte Menschheit infiziert und so einen Superorganismus mit Maya im Zentrum schafft. Nachdem Mercer Galloway und die übrigen Evolved absorbiert hat, liefern sich die beiden ein blutiges Duell, aus dem James als Sieger hervorgeht und Mercer tötet und verzehrt.

Anschließend löscht Heller die Infizierten in NYZ zusammen mit dem größten Teil des Blacklight-Virus aus. Mit Mercers absorbierten Erinnerungen findet Heller Maya und Dana und befreit sie aus einem Tresor. Die Geschichte endet damit, dass die drei New York überblicken, bevor Dana sich fragt, wie es weitergehen soll.