Ratchet & Clank Future: A Crack in Time

In Fortsetzung des Endes von Quest for Booty wurde Clank von den Zoni im Auftrag des Roboters Dr. Nefarious an einen Ort namens Große Uhr entführt, der versucht, das Geheimnis der Anlage von ihm zu erfahren. Nefarious versucht, an Clanks Speicherbanken heranzukommen, um den Schlüssel zur so genannten Orvus-Kammer zu finden, was ihm jedoch von den Zoni verwehrt wird. Nefarious setzt daraufhin seinen Hypersonic Brainwave Scrambler frei, woraufhin die Zoni fliehen und ein Stromausfall eintritt. Als der Strom wiederhergestellt ist, ist Clank aufgewacht und versucht zu fliehen, wird aber von Nefarious und seinem Butler Lawrence gefangen genommen und sofort bewegungsunfähig gemacht.
Als Clank später erwacht, findet er sich mit einem Roboter namens Sigmund wieder, der der Junior-Hausmeister der Anlage ist, und von Nefarious und seinen Truppen fehlt jede Spur. Durch den Einsatz von Stationen, die Mnemonikkammern genannt werden und seine Gedächtnisbanken anzapfen, erfährt Clank, dass die Große Uhr von dem Zoni-Wissenschaftler Orvus konstruiert wurde, um Schäden am Universum zu heilen, die durch übermäßigen Missbrauch von Zeitreisen entstanden sind. Ein Teil von Orvus befindet sich immer noch in Clanks Speicherbänken. Er wurde dort abgelegt, als Clank von den Zoni konstruiert wurde, damit Clank eines Tages mit Hilfe der Zoni die Rolle des Senior Caretaker übernehmen kann. Clank erfährt auch, dass sein Vater zu einem Außenposten auf Zanifar gegangen und nie zur Uhr zurückgekehrt ist.
Währenddessen erkunden Ratchet und Qwark das Breegus-System auf der Suche nach Informationen über Clank und Nefarious. Sie erfahren von einem "Exilanten", der ebenfalls gegen Nefarious kämpft, und führen das Wesen auf einen anderen Lombax, General Alister Azimuth, zurück. Während sie in der Krell-Schlucht nach einem Obsidianauge suchen, um mit Clank zu sprechen, erzählt Azimuth Ratchet, dass er von seinen Eltern weiß und dass es seine Schuld war, dass Imperator Tachyon an die Macht kommen konnte, weil er das technische Genie der Lombaxe mit ihm geteilt hat. Als die Lombaxe in eine andere Dimension aufbrachen, war Azimuth gezwungen, zur Strafe für seine "Verbrechen" zurückzubleiben. Azimuth erzählt Ratchet auch von der Großen Uhr und davon, dass sie in der Lage sein könnten, sie zu benutzen, um die Lombaxe in dieses Universum zurückzubringen. Nachdem er mit Clank durch ein Obsidianauge gesprochen und Qwark vor einem Kriegsgrok namens Snowball gerettet hat, benutzt Ratchet ein Zeitportal auf Zanifar, um herauszufinden, was mit Orvus passiert ist. Nefarious hat die Zoni gefangen genommen, um zu versuchen, in die Orvus-Kammer zu gelangen, aber er scheiterte, als Orvus sich in Luft auflöste. Ratchet gelang es, zu fliehen und Azimuth vor Nefarious' Handlanger, Lord Vorselon, zu retten. (Aber nicht bevor er Nefarious' Aussehen verändert hat, indem er seinem früheren Ich eine permanente Narbe auf dem rechten Auge verpasst hat).
Ratchet und Azimuth gelingt es, Clank aus einer anderen Gruppe von Nefarious' Gefolgsleuten, den Walküren, zu befreien. Clank gelingt es dann, Ratchet davon zu überzeugen, dass Azimuths Plan, die Uhr zu benutzen, unweigerlich das Universum zerstören würde, was Azimuth dazu veranlasst, traurig zu gehen. Ratchet, Clank und Qwark starten daraufhin eine Geheimmission auf Nefarious' Basis, werden aber schließlich gefangen genommen. Bevor er Ratchet und Clank auf einem Asteroiden in die Tiefen des Weltraums schickt, enthüllt Nefarious, dass er plant, die Große Uhr zu benutzen, um in der Zeit zurückzureisen, die verschiedenen Helden im Universum zu vereiteln und eine Gegenwart zu schaffen, in der die Schurken immer die Oberhand haben. Der Asteroid von Ratchet und Clank stürzt auf einen nahe gelegenen Planeten (Planet Morklon), doch die beiden bleiben unverletzt, da die Zoni sie beschützen. Sie sehen, dass die Welt, auf der sie gelandet sind, zerstört wurde. Ein überlebender Fongiod namens Yurik enthüllt, dass dies vor zehn Jahren von den Agorianern verursacht wurde, und erzählt die Geschichte der Schlacht von Gimlick Valley. Eines Tages griffen Agorianer plötzlich das friedliche Dorf an und nahmen viele Fongiod-Dorfbewohner gefangen. Der Stammesführer und eine Armee von Soldaten wurden zusammengestellt, um zu kämpfen, aber der Stammesführer wurde getötet und die Agorianer zerstörten den Damm und löschten das Fongoid-Dorf aus. Sie benutzen ein ähnliches Zeitportal von Zanifar aus, um die Fongoiden der Vergangenheit vor zehn Jahren in die Schlacht im Gimlick-Tal zu retten. Sie ziehen in den Kampf gegen die Agorianer und retten das Kind Yurik, das Ratchet auffordert, die Gefangenen zu retten. Nachdem sie die Gefangenen mit Hilfe der Fongoids befreit haben, treffen sie auf Commander Argos, einen agorianischen General, der sein Schiff gesteuert hat. Das Duo zerstört das Schiff, als es in den Damm sinkt. Die Fongoids jubeln über den Sieg und dann kehrt das Duo in die Gegenwart zurück, wo sie ein anderes, friedlicheres Dorf im Gimlick-Tal sehen. Die Überraschung des Duos sind riesige Hecken, die an das Duo erinnern, und es ist der 10. Jahrestag des Tages, an dem das Duo das Fongoid-Dorf rettete. Das Duo trifft sich mit einem Fongiod, den sie bitten, das Erinnerungsschiff zu leihen, das Argos während der Schlacht benutzt hat und das offenbar geborgen und repariert wurde, nachdem es in den Damm gefallen war. Das Duo kehrt zu Nefarious zurück und stellt sich ihm erneut, bevor er die Uhr erreichen kann. Es gelingt ihnen, ihn an Bord seines Schiffes zu besiegen, doch Lawrence gelingt es, in der Rettungskapsel zu entkommen, als das Schiff vom Kurs abkommt und auf Nefarious' Basis zusteuert. Gerade als das Schiff aufprallt, trifft Azimuth ein, um Ratchet und Clank zu retten. Als die beiden zu Azimuths Schiff rennen, kracht Nefarious' Schiff in das Schiff und zerstört die Basis.
Die Gruppe kehrt zur Großen Uhr zurück, wo Clank bereit ist, seine Aufgaben wieder aufzunehmen. Ratchet und Clank verweigern Azimuth jedoch die Möglichkeit, die Maschine zu benutzen, um die Lombaxe zurückzubringen. Azimuth rastet plötzlich aus und ist wütend, dass Ratchet nicht mehr will, was er tut. Sein Ehrgeiz verwandelt sich in Korruption und er feuert mit seiner Waffe auf Ratchet, der dadurch über den Rand der Plattform stürzt und getötet wird. Während es Clank gelingt, den General zu verfolgen, versucht Sigmund, ihn aufzuhalten, aber Azimuth überwältigt ihn, und dann schließt sich Clank in der Orvus-Kammer ein, um Azimuth am Eindringen zu hindern. Clank erinnert sich an die Worte des Klempners, dass er nicht mehr als 6 Minuten riskieren würde, und löst eine Zeitverschiebung aus, um sechs Minuten in die Vergangenheit zu reisen, wo es ihm gelingt, Ratchet aus dem Weg von Azimuths Explosion zu schieben und die Ereignisse zu verändern. Ratchet und Azimuth rasen dann durch eine Grind-Schiene, um in die Orvus-Kammer zu gelangen. Das Duo kommt zu spät und Azimuth aktiviert die Uhr, um sich rückwärts zu bewegen und zu versuchen, die Lombaxe nach Hause zu bringen. Ratchet kämpft dann gegen Azimuth, wobei das Schicksal des gesamten Universums auf dem Spiel steht. Während er und Ratchet kämpfen, beginnt die Uhr um sie herum auseinanderzufallen, da sie der Belastung einer solch massiven Verschiebung nicht standhalten kann. Als Ratchet ihn anschreit, damit aufzuhören, erkennt Azimuth seinen Fehler. Er sagt Ratchet, er solle "auf sich selbst aufpassen", und gibt sein eigenes Leben, um die Selbstzerstörung der Uhr zu verhindern, indem er seinen Schraubenschlüssel benutzt, um den kaputten Hebel zu ersetzen und ihn zu drehen. Dabei wird er jedoch von einem tödlichen Energiestoß der kaputten Uhr getroffen und stirbt.
Nachdem die Zoni die Kammer repariert haben, verabschiedet sich Ratchet von Clank und wünscht ihm alles Gute, während er weggeht. Als Clank die aufgezeichneten Worte von Orvus noch einmal hört, wird ihm klar, dass er nicht bleiben kann, weil er Ratchet nicht verlassen kann, bis er seine Familie gefunden hat, da Ratchets Aktionen dazu beigetragen haben, Clanks Heimat zu finden. Clank befördert Sigmund zum Senior Caretaker, und als Orvus im Hintergrund sagt, dass sein Sohn tun kann, was immer er für richtig hält, trifft er Ratchet wieder, als dieser gerade gehen will. Gemeinsam fliegen sie zu den Sternen, um ein weiteres Abenteuer zu erleben.