Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

Das Spiel beginnt mit einem Kampf gegen den Foot Clan und Hun im Wolkenkratzer von Oroku Saki. Der Foot Clan wird besiegt, und Meister Splinter verschwindet auf mysteriöse Weise. Die Turtles verfolgen die Spur bis zu einem Gebäude mit der Aufschrift "T.C.R.I.", das hinter seinem harmlosen Äußeren ein bizarres Geheimnis verbirgt: Seine Angestellten sind Mitglieder einer hirnähnlichen Alienrasse, den Utroms. Während sie diese seltsamen neuen Feinde bekämpfen, werden die Turtles versehentlich an verschiedene Orte in der Galaxie teleportiert und treffen auf D'Hoonib auf den Fugitoiden Professor Honeycutt, der im Krieg zwischen den Triceratons und der Föderation ins Kreuzfeuer gerät - beide Seiten sind hinter dem Fugitoiden wegen seiner Technologie her. Unterwegs treffen sie auf einen intergalaktischen Kopfgeldjäger namens Slashuur. Er soll der mächtigste Kopfgeldjäger im Universum sein, und Honeycutt hat schon als kleines Kind Legenden über ihn gehört. Ironischerweise ist Honeycutt derjenige, hinter dem Slashuur her ist, da er von den Triceratons angeheuert wurde, um ihn zu fangen. Nachdem die Turtles ihn besiegt haben, verrät Slashuur, dass er über Hamato Yoshi Bescheid weiß, bevor er sich aus dem Staub macht. Bevor sie aus der Heimatwelt der Triceratons fliehen, freunden sich die Turtles mit dem edlen Triceratons-Krieger Traximus an und befreien ihn, der gezwungen wurde, als Gladiator zu kämpfen.

Nach ihrer Rückkehr zur Erde und zum T.C.R.I.-Gebäude stellt sich heraus, dass die Utroms einen verletzten Splinter gerettet haben und ihn pflegen. Die Utroms versetzen die TMNT und Splinter in eine Virtual-Reality-Maschine, um ihnen ihre Herkunft besser erklären zu können. Vor Hunderten von Jahren reisten die Utroms durch die Galaxis und transportierten einen mörderischen Schurken ihrer Spezies, Ch'rell. Ihr Schiff stürzt auf der Erde im Land Japan ab. Ch'rell entkommt, während die Utroms darauf warten müssen, dass die Technologie der Erde mit der ihren gleichzieht, damit sie nach Hause zurückkehren können. Einige Zeit später, nachdem die Utroms die Hilfe einiger Menschen als Guardian Ninja in Anspruch genommen haben, geraten sie in einen Hinterhalt eines schwer gepanzerten Kriegsherrn, der als Shredder bekannt ist. Währenddessen sabotiert Baxter Stockman in der realen Welt die virtuelle Realitätsmaschine, und die Gefahren darin werden den Turtles und Splinter als real präsentiert. Nachdem sie Shredder und seine Feudal-Fuß-Ninja besiegt haben, treffen die Turtles auf den Utrom Mortu, der ihnen ein Gerät gibt, mit dem sie in die reale Welt zurückkehren können. Als sie dort ankommen, müssen sie leider feststellen, dass Shredder und die Foot das T.C.R.I.-Gebäude angreifen. Während ihres Kampfes wird ein organisches Zerstörungsgerät platziert, und die Utrom entkommen durch ihren Transmat. Die Turtles besiegen Shredder, bevor er sie verfolgen kann, und es stellt sich heraus, dass dieser Shredder nicht nur derselbe ist, den sie im feudalen Japan gesehen haben, sondern dass er auch der böse Utrom Ch'rell ist! Die Turtles entkommen aus dem Gebäude, bevor das Gerät explodiert, aber Ch'rell hat nicht so viel Glück.

Später treffen die Turtles in der Kanalisation auf einen riesigen anthropomorphen Alligator namens Leatherhead. Nach einem Handgemenge stellt Leatherhead fest, dass er und die Turtles auf der gleichen Seite stehen. Er erzählt seine eigene Geschichte: Er war einst ein Alligatorenbaby, das von einem Utrom gefunden und adoptiert wurde. Leatherhead kam mit Retromutagenen in Kontakt und wurde zu dem, was er heute ist, genau wie die Turtles. Er lebte mit den Utroms zusammen und betrachtete sie als seine Familie. Als das T.C.R.I.-Gebäude explodierte, floh er in die Kanalisation und ließ sich in der alten Höhle der Turtles nieder, wo er versuchte, einen eigenen Transmat zu bauen, um den Utroms zu folgen. Leider stellte sich heraus, dass sein Partner bei diesem Vorhaben kein anderer als Baxter Stockman war, der ein Bündnis mit den Utroms vorgab. Als Baxter merkt, dass sein Plan nicht aufgeht, wirft er einen Chemietank und flieht, wodurch die Decke von Leatherheads Versteck einstürzt. Leatherhead drängt seine neuen Freunde zur Flucht, während er die einstürzenden Trümmer festhält. Die Turtles entkamen gerade noch rechtzeitig, um zu sehen, wie die Decke vollständig auf Leatherhead einstürzte.