Teenage Mutant Ninja Turtles: Smash-Up

Die Handlung besteht darin, dass Splinter ein Turnier für seine Söhne Casey Jones und April O'Neil veranstaltet; auch Splinter selbst beschließt, an dem Turnier teilzunehmen. Nachdem der Sieger gekrönt ist, sollen sie sich eine Trophäe und etwas aus Splinters persönlichem Schrank aussuchen. Doch plötzlich ruft Professor Honeycutt über die Notrufleitung an und teilt den Turtles mit, dass er von Shredder entführt worden ist. Shredder unterbricht das Gespräch und weist darauf hin, dass die Leitung nicht sicher ist. Er verspottet die Turtles und sagt, dass sie Fugitoid nicht zurückholen werden. Während sie draußen grübeln, erscheint Karai und sagt, dass der Shredder Fugitoid gefangen genommen hat, um ihn zu zwingen, einen Transmat herzustellen, mit dem er seine Armeen um die ganze Welt teleportieren kann.

Nachdem sie den Shredder besiegt hat, enthüllt Karai, dass sie die Turtles benutzt hat, um den Shredder loszuwerden, damit sie den Foot Clan von ihrem Vater an sich reißen kann. Shredder steht wieder auf, und Leonardo tritt ihn in Karai hinein. Honeycutt legt den Schalter am Transmat um, auf dem Shredder und Karai gelandet sind, und teleportiert sie an einen unbekannten Ort. Zurück in der Kanalisation überreicht Splinter die Preise an den Sieger des Turniers.

Dem Spiel liegt ein Comic bei, in dem die Geschichte bis zu dem Zeitpunkt, an dem Shredder besiegt wird, nacherzählt wird. Zu den Szenen, die nicht im Spiel vorkamen, gehört, dass Donatello Renets Zeitzepter manipuliert, um sie zu Shredders Tōkyō-Basis zu bringen, aber es funktioniert nicht und sie zappen durch die Zeit, was eine Erklärung für die bizarren Schauplätze wie den Alten Westen und das japanische Schloss liefert. Bei ihrer ersten Teleportation mit dem Zepter bricht ein riesiger Alligator durch eine Kanalisationswand, die versehentlich in den Amazonas-Regenwald transportiert wird, was erklärt, warum die Gefahr des Alligators sowohl in der Kanalisation als auch im Amazonas vorkommt. Im japanischen Schloss treffen die Turtles auf eine Armee von Samurai, die sich als japanischer Dämon namens Oni entpuppt. Die Geschichte endet, nachdem Fugitoid gerettet wurde und der Shredder zum Kampf erscheint.