Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

Die Geschichte spielt Tausende von Jahren in der Zukunft, als die Menschheit die Erde, die jetzt Verlorenes Jerusalem heißt, längst verlassen und ein Sternenimperium gegründet hat. Die größte Bedrohung für die Menschheit ist das Auftauchen einer übermächtigen außerirdischen Rasse namens Gnosis. Die Geschichte setzt unmittelbar nach den abschließenden Ereignissen der ersten Episode ein. Shion Uzuki, die junge Ingenieurin, die den leistungsstarken Androiden KOS-MOS entwickelt hat, kommt mit ihren Freunden auf dem Planeten Second Miltia an. Sie wollen mehr über das Erbe des verstorbenen genialen Wissenschaftlers Joachim Mizrahi erfahren und die Pläne der mysteriösen Antagonisten Albedo und Margulis vereiteln. Jin Uzuki, Shions Bruder, der im ersten Kapitel nur erwähnt wurde, wird in der zweiten Episode zu einer wichtigen, steuerbaren Figur. Ein Großteil der Handlung ist der Erforschung der Vergangenheit und der Herkunft von Jr. sowie seiner Verbindung zu Albedo gewidmet.