Assassin's Creed

Desmond Miles, un camarero, es secuestrado por la empresa Abstergo Industries para utilizarlo como sujeto de pruebas en el "Animus", un dispositivo que puede simular la memoria genética. Abstergo pretende introducir a Desmond en el dispositivo para que recupere los recuerdos de su antepasado, Altaïr Ibn-La'Ahad, miembro de la Hermandad de Asesinos en el año 1191, que vivió durante la Tercera Cruzada en Tierra Santa. Al principio, a Desmond le cuesta adaptarse al dispositivo, pero acaba reviviendo las hazañas de Altaïr durante los días siguientes. A continuación, el juego cambia principalmente al punto de vista de Altaïr, con transiciones ocasionales a Desmond, debido a problemas con el Animus o a la aparición del Efecto Sangrado.

El juego se abre con Desmond entrando en la memoria de Altaïr, pero pronto se enfrenta a problemas de sincronización. En esto, se oyen las voces de Lucy Stillman y Warren Vidic, discutiendo sobre la seguridad de Desmond dentro del Animus. Tras experimentar algunos problemas, Desmond sale de la máquina virtual y Vidic le informa sobre el funcionamiento interno del Animus, antes de inicializar el programa tutorial de la máquina. Una vez que Desmond termina el tutorial, entra en la memoria sincronizable más cercana de Altaïr; Lucy añade que Desmond tiene que revivir momentos clave de la vida de Altaïr para aumentar su sincronización, antes de llegar a la memoria final que contiene la información que busca Abstergo.

Primero se muestra a Altaïr intentando recuperar uno de una serie de artefactos conocidos como las "Piezas del Edén" del Templo de Salomón con la ayuda de Malik Al-Sayf, y su hermano Kadar, pero son detenidos por Robert de Sablé, Gran Maestro de los Caballeros Templarios y enemigo jurado de los Asesinos. Mientras recupera el tesoro, Altaïr rompe los tres principios del Credo de los Asesinos en un intento de matar a Robert, pero finalmente fracasa. En la siguiente conmoción, el hermano de Malik es asesinado, y el brazo izquierdo de Malik es lisiado y posteriormente amputado. Cuando Altaïr regresa a la fortaleza de los Asesinos en Masyaf con sus disculpas, Malik, que sobrevivió a de Sablé, vuelve con el artefacto y desprecia a Altaïr por su arrogancia.

Tras derrotar por poco un ataque de represalia de los Templarios, Al Mualim, líder de los Asesinos, degrada a Altaïr a novato pero le da otra oportunidad de ascender en las filas de la Hermandad. Al Mualim asigna a Altaïr la tarea de asesinar a nueve figuras clave en Tierra Santa, en Jerusalén, Acre y Damasco, con el objetivo de lograr la paz entre las fuerzas cruzadas y sarracenas. Cada objetivo está basado en una figura histórica real de la Tercera Cruzada, como Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, Guillermo de Montferrat y Robert de Sablé.

Altaïr completa cada tarea, aprendiendo cómo cada objetivo está conectado con Robert y los Templarios y cómo juntos pretenden acabar con las Cruzadas y poner Tierra Santa bajo su propio control. Tras la muerte de hombres de ambos bandos, descubre que el último complot de Robert es intentar unir las fuerzas cristianas y musulmanas contra su nuevo enemigo común, los propios Asesinos. Altaïr derrota a de Sablé ante Ricardo Corazón de León, fracasando en su intento de convencer al Rey de que el fin de la guerra sería bienvenido para ambos bandos, pero poniendo fin al complot de Robert. Gracias a de Sablé, Altaïr descubre que el propio Al Mualim era miembro de los templarios y que utilizó a los Assassin para matar a los otros miembros que poseían el secreto del poder del tesoro, para poder quedarse egoístamente con el artefacto.

Altaïr regresa rápidamente a Masyaf y se acerca a su maestro, que le revela la verdad: la Pieza del Edén, que había recuperado con la ayuda de Altaïr justo antes de su transgresión, crea ilusiones. Denuncia la religión y otros sucesos aparentemente sobrenaturales (por ejemplo, las Diez Plagas de Egipto, la partición del Mar Rojo y la presencia de los dioses griegos en la Guerra de Troya) como ilusiones causadas por la Pieza, y luego declara su intención de utilizar el artefacto para obligar a la humanidad a un estado de lavado de cerebro y, al hacerlo, poner fin a todo conflicto; Altaïr es finalmente capaz de ver a través de los engaños creados por el artefacto para matar a Al Mualim. Cuando Altaïr recupera el artefacto, la Pieza del Edén se activa, mostrando una vista holográfica del mundo con numerosas ubicaciones de otras Piezas del Edén marcadas en todo el planeta.

Cuando el proceso se completa, Desmond se entera de que Abstergo es un frente moderno de los Templarios, y que ya están buscando otros artefactos en lugares identificados en los recuerdos de Altaïr. Además, se entera de que los Asesinos actuales habían intentado rescatarlo antes de que se completara la memoria, pero habían fracasado. Tras esto, Desmond iba a ser asesinado tras una orden de un templario de alto rango, Alan Rikkin, pero Lucy Stillman le salva de la muerte y, en un momento dado, se mete el dedo anular en la palma de la mano, haciendo referencia a la tradición de los Asesinos de cortarse el dedo.

Aunque Desmond sigue atrapado en el laboratorio de Abstergo, su experiencia en el Animus ha creado un efecto de sangrado de la vida de Altaïr en la suya propia, permitiendo a Desmond utilizar la Visión de Águila de Altaïr, que, a su vez, le permite ver extraños mensajes pintados en las paredes de su habitación y en el suelo del laboratorio. Todos los mensajes tratan sobre diversas formas del fin del mundo de diferentes culturas, incluyendo varias referencias al 21 de diciembre de 2012, fecha en la que Abstergo planea lanzar un satélite que "acabará definitivamente con la guerra". Se insinúa que este método sería el mismo con el que Al Mualim hipnotizó a Masyaf, sólo que a mayor escala. Finalmente, el juego termina con Desmond preguntándose qué significan todas las imágenes y quién pudo haberlas dibujado.