Assassin's Creed: Bloodlines

Poco después del final del primer juego, Altaïr Ibn-La'Ahad se entera de un plan de los templarios restantes para escapar a Chipre, por lo que se infiltra en una de sus fortalezas en Acre para impedirlo. Aunque no lo consigue, derrota y captura a María Thorpe, que intentaba vengar a su antiguo amo, Robert de Sablé, muerto a manos de Altaïr. Consiguiendo fletar un barco, Altaïr se dirige también a Chipre en busca de la manzana, con María a cuestas.

Una vez allí, se entera de la presencia de Armand Bouchart, que ha sucedido a Robert de Sablé, como Gran Maestre de la Orden de los Templarios. Altaïr también se entera, y obtiene la ayuda, de un movimiento de resistencia en la ciudad que se opone a la presencia de los templarios, quienes, tras comprar la isla al rey Ricardo, han formado un gobierno represivo para controlar la tierra y sus habitantes. También se entera de la existencia de un "archivo" templario, un tesoro de conocimientos y artefactos templarios, escondido en algún lugar de la isla. Fiel al estilo de los Asesinos, Altaïr intenta localizar el archivo y liberar a Chipre del control de Bouchart, primero matando a sus subordinados: Frederick "el Rojo"; Moloch "el Toro"; Shalim y Shahar "los Gemelos", y el Oráculo Oscuro "la Bruja", enfrentándose finalmente a Bouchart y derrotándolo en el archivo, cuyo contenido ha sido evacuado y reubicado por soldados templarios. Tras la muerte de Bouchart, el archivo comienza a derrumbarse, pero Altaïr consigue escapar.

El juego también detalla la relación entre Altaïr y María. Al principio, María se muestra hostil y sarcástica con Altaïr (en sus propias palabras, "el hombre que me perdonó el cuello pero arruinó mi vida"), pero a medida que se desarrolla la historia, se va encariñando con el asesino que, a pesar de sus repetidos intentos de fuga, la rescata repetidamente del peligro y no la castiga. Finalmente, decide ayudar a Altaïr matando a un topo templario de la resistencia cuando intenta matar a Altaïr y enfrentándose a Bouchart junto a él en la batalla final, habiéndose enamorado en ese momento del asesino. Tras su huida del archivo templario, ambos deciden dirigirse al este, hacia la India.