Bionic Commando Rearmed

Bionic Commando Rearmed toma prestada su trama en gran medida de la versión del juego para Nintendo Entertainment System. En consonancia con el lanzamiento norteamericano de esa versión, las referencias al partido nazi que aparecen en el título original japonés no aparecen en Rearmed. Sin embargo, al igual que en el original, el jefe final del juego sigue pareciéndose claramente a Adolf Hitler, y se le llama "El Líder".

Rearmed se centra en dos facciones enfrentadas: la Federación y el Imperio. Comienza con el descubrimiento por parte de las fuerzas imperiales de documentos clasificados sobre el desarrollo de un arma secreta conocida como el proyecto Albatros, iniciado originalmente por una organización conocida como los Badds, pero que nunca llegó a completarse. Killt, Generalísimo de las fuerzas del Imperio, decide completar el proyecto él mismo. Cuando la Federación se entera del complot del Imperio, envía a su héroe nacional, Super Joe, para que se infiltre en el Imperio. Durante su misión, Joe es capturado por las fuerzas imperiales. La Federación envía a un segundo agente llamado Nathan Spencer para rescatar a Super Joe y ayudarle a completar su misión.

Spencer atraviesa varias zonas, eliminando a muchos líderes imperiales en su camino. A medida que avanza, encuentra nueva tecnología y se adentra en las líneas enemigas. La trama culmina cuando Super Joe es rescatado del soldado imperial biónico Gottfried Groeder, y tanto Spencer como Joe se disponen a destruir el proyecto Albatros. Durante la misión, Spencer se encuentra con "El Líder", el jefe resucitado de las fuerzas imperiales. Spencer derrota a El Líder y, junto con Super Joe, destruye el Albatros. El juego termina con ambos héroes colgados de un helicóptero, volando mientras el Albatros explota.