Ecco the Dolphin

El juego comienza con Ecco, un delfín mular, mientras él y su manada nadan en su bahía. Un compañero de manada desafía a Ecco a un juego para ver lo alto que puede saltar en el aire. Cuando está en el aire, se forma una gigantesca tromba de agua que absorbe toda la vida marina de la bahía excepto a Ecco, dejándolo solo en la bahía. Al salir de la bahía, Ecco nada y se encuentra con otros seres marinos, incluidos otros delfines, que le dicen que han sentido la tormenta y que todo el océano es un caos. Una orca con la que se encuentra Ecco le dice que viaje al Ártico para conocer al "Gran Azul", una vieja ballena azul venerada por la vida marina por su edad y sabiduría, que podría ayudarle en su viaje. Al llegar al Ártico, tras un largo viaje por el océano, Ecco encuentra al Gran Azul, que informa al delfín de que las tormentas se producen cada 500 años. Aunque el Gran Azul no sabe cuál es la causa de las tormentas, le sugiere a Ecco que encuentre al Asterite, la forma de vida más antigua de la Tierra. El delfín abandona el Ártico y viaja a una profunda caverna donde encuentra al Asterite. El Asterite saluda a Ecco diciéndole que aunque tiene el poder de ayudarle, el Asterite no puede porque los orbes de su cuerpo se han perdido. El Asterite le dice que vaya a las ruinas hundidas de la ciudad de Atlantis y que utilice la máquina del tiempo que dejaron los atlantes.

Ecco viaja a la ciudad hundida de Atlantis, donde descubre una antigua biblioteca llena de Glifos, cristales gigantes que contienen información. De la biblioteca Ecco aprende los orígenes de las tormentas, una raza alienígena conocida como los Vortex perdió la capacidad de producir alimentos en su planeta, por lo que cada 500 años, cuando los planetas se alinean, utilizan su tecnología para cosechar las aguas de la Tierra. Los atlantes libraron una larga guerra con el Vórtice que terminó cuando un rayo golpeó la Atlántida desde el espacio enviando la ciudad a las profundidades del océano. Al enterarse de esto, activa la máquina del tiempo y viaja 55 millones de años al pasado de la Tierra. Mientras Ecco está en el pasado, aprende una antigua canción para comunicarse con un Pteranodon. Ecco localiza al Asterite en el pasado, pero es inmediatamente atacado por él. Obligado a luchar, consigue desprender un globo terráqueo de él. Esto abre un portal temporal y lo envía al presente. Tras recibir el globo, el Asterite le otorga el poder de convertir su sonar en un arma mortal contra el Vórtice, así como la capacidad de respirar bajo el agua y de regenerar lentamente la salud perdida. El Asterite le indica que utilice la máquina del tiempo para viajar al pasado, a la hora de la cosecha. Esta vez se las arregla para ser absorbido por la tromba de agua con su vaina. Ecco es enviado volando por el espacio exterior hasta una máquina gigante con forma de tubo. Abriéndose paso a través de la construcción, Ecco llega al planeta Vortex y se enfrenta a los alienígenas en un combate. Llega hasta la Reina del Vórtice y se enfrenta a ella. Cuando la Reina es derrotada, escupe la vaina de Ecco que se ha comido y emprenden una rápida huida hacia la Tierra.