Famicom Tantei Club Part II: Ushiro ni Tatsu Shoujo

La escena del prólogo muestra una noche de otoño en la que un chico de 15 años (el protagonista del juego) está huyendo de dos policías. Un hombre, respetado por la policía, decide ocuparse de la situación por sí mismo. El hombre lleva al chico a una cafetería, donde el chico le explica que se ha escapado de su orfanato para encontrar el paradero de sus padres. El hombre se presenta como un detective privado llamado Shunsuke Utsugi, y convence al chico para que se convierta en su ayudante.

Unos meses después, Utsugi y el protagonista reciben una llamada telefónica para revisar la escena de un crimen. La víctima del asesinato es una colegiala de primer año llamada Yoko Kojima. El protagonista comienza a recopilar información del instituto Ushimitsu para resolver el caso de Yoko y conectarlo con el de Genjiro Kaneda, con la ayuda de los dos amigos de Yoko en el instituto: una chica llamada Ayumi Tachibana y un chico llamado Hitomi Kawaii. Pronto se descubre que Yoko estaba metida de lleno en la investigación de "El cuento de la chica que se queda atrás", un rumor que involucra al fantasma de una chica ensangrentada que se queda detrás de un estudiante, y el trío se propone descubrir la verdad detrás de este rumor.