Half-Life 2

Gordon Freeman es sacado del éxtasis por el G-Man, que lo introduce en un tren que llega a Ciudad 17. Tras llegar a la estación y eludir a las fuerzas de la Combinación, Gordon se une a los miembros de la resistencia Lambda, entre los que se encuentran Barney Calhoun, un antiguo guardia de seguridad de Black Mesa que ahora trabaja encubierto como oficial del CP de la Combinación, y Alyx Vance, la hija de uno de los antiguos colegas de Gordon, el Dr. Eli Vance. Tras un intento fallido de teletransportar a Gordon a Black Mesa Este desde el laboratorio improvisado del Dr. Kleiner, Gordon, reequipado con el traje HEV y una palanca, se ve obligado a embarcarse a pie por el antiguo sistema de canales de la ciudad. Tras conseguir un bote neumático, se abre paso hasta Black Mesa East, a varios kilómetros de la ciudad.
Gordon se reencuentra con Eli y conoce a la Dra. Judith Mossman. Alyx presenta a Gordon a su gran robot D0g y le da una "Pistola de gravedad", un arma que permite a Gordon recoger y mover cualquier objeto grande con facilidad. Black Mesa East pronto sufre un ataque de los Combines y Eli y Mossman son capturados para ser llevados a una prisión de los Combines, Nova Prospekt. Gordon y Alyx se ven obligados a tomar caminos distintos para llegar a Nova Prospekt; Gordon se desvía por la ciudad de Ravenholm, recibiendo la ayuda de su último superviviente, el padre Grigori. Tras atravesar la ciudad y una mina, Gordon se dirige a un puesto de avanzada de la Resistencia. Gordon recibe un Dune Buggy, que utiliza para viajar por una carretera costera en ruinas hasta Nova Prospekt. Por el camino, Gordon se encuentra con frecuentes patrullas de los Combines y ayuda a uno de los líderes de la resistencia, el coronel Odessa Cubbage, a defender una base de la resistencia de una cañonera de los Combines.
Tras cruzar una playa infestada de hormigas, Gordon entra en Nova Prospekt, donde se reúne con Alyx. Consiguen localizar a Eli, pero también descubren que Mossman es una informante de la Combinación. Antes de que puedan detenerla, se teletransporta a sí misma y a Eli de vuelta a la Ciudadela 17. El teletransportador del Combinado explota cuando Gordon y Alyx lo utilizan para escapar de Nova Prospekt.
Al llegar al laboratorio de Kleiner, un conmocionado Dr. Kleiner revela a Gordon y Alyx que fueron atrapados en un "teletransporte lento", durante el cual había pasado una semana. En su ausencia, la Resistencia, que se ha enterado de lo ocurrido en Nova Prospekt, se ha movilizado contra el Combinado, convirtiendo Ciudad 17 en un campo de batalla. Durante los combates, Alyx es capturada por el Combinado y llevada a la Ciudadela, y Gordon lucha por la ciudad con la ayuda de D0g y Barney para llegar a ella. Dentro de la Ciudadela, queda atrapado en una cámara de confiscación de la Combinación que destruye todas sus armas excepto la Pistola de Gravedad, la energía que mejora sus capacidades y permite a Gordon escapar y despachar pelotones de soldados de la Combinación.
Finalmente, Gordon es capturado montando en una cápsula de transporte Combine y es llevado a la oficina del Dr. Breen, donde él y el Dr. Mossman están esperando con Eli y Alyx en cautiverio. El Dr. Breen comienza a explicar sus planes de conquista de los humanos por parte de la Combinación, en contra de lo que le había dicho al Dr. Mossman. Enfadado, Mossman libera a Gordon, Alyx y Eli antes de que Breen los teletransporte fuera del mundo. El Dr. Breen intenta escapar a través de un portal, pero Gordon le persigue y destruye el reactor del portal con la pistola de gravedad supercargada. Breen parece ser aniquilado en la explosión resultante. Justo antes de que Gordon y Alyx sufran presumiblemente un destino similar, el tiempo se congela. El Hombre-G reaparece, elogiando a Gordon por sus acciones en Ciudad 17 y la Ciudadela. Haciendo una vaga mención a las "ofertas de servicios [de Gordon]", el G-Man le devuelve a la estasis.