Halo: Combat Evolved Anniversary

El juego comienza justo después de los acontecimientos de Halo: Reach, cuando el Pillar of Autumn sale del espacio de deslizamiento cerca de una misteriosa estación espacial con forma de anillo, llamada "Halo" por el enemigo del juego, el Covenant. Una flota del Pacto ataca y daña gravemente el Pillar of Autumn. El Capitán Keyes inicia el "Protocolo Cole", un procedimiento que destruye todos los datos de navegación y está diseñado para evitar que el Covenant conozca la ubicación de la Tierra. El Jefe Maestro y Cortana se abren paso hasta una cápsula de escape, donde se expulsan de la nave junto con un grupo de marines. Mientras se alejan, pueden ver a Keyes intentando hacer aterrizar a Pillar en Halo.

El Jefe Maestro y Cortana son los únicos supervivientes del aterrizaje forzoso de su cápsula, pero pronto contactan con otros supervivientes y ayudan a reunirlos en una fuerza de combate. Los supervivientes les informan de que Keyes ha sobrevivido al aterrizaje forzoso de Pillar of Autumn, pero que ha sido capturada por el Pacto y está retenida a bordo de la nave del Pacto Verdad y Reconciliación. El Jefe Maestro y una fuerza de marines abordan la nave y rescatan a Keyes, quien ordena al Jefe Maestro que se adelante a los Covenant hasta el centro de control de Halo y que descubra el propósito de Halo. El Jefe Maestro y Cortana viajan a una sala de mapas llamada el Cartógrafo Silencioso, que les lleva a la sala de control. Allí, Cortana entra en los sistemas y, al descubrir algo urgente, envía al Jefe Maestro a buscar al Capitán Keyes mientras ella se queda atrás. Keyes estaba buscando lo que creía que era un alijo de poderosas armas, pero cuando llega a su posición el Jefe Maestro solo encuentra señales de una batalla y una grabación que revela que han liberado accidentalmente al Diluvio, una raza alienígena parasitaria capaz de propagarse infestando otras formas de vida sensibles.

La liberación del Flood hace que el monitor de la IA de Halo, 343 Guilty Spark, reclute al Jefe Maestro para recuperar el Índice, un dispositivo que activará Halo y evitará que el Flood se extienda más allá de las instalaciones. Después de que el Jefe Maestro recupere y se prepare para usar el Índice, Cortana reaparece y le advierte contra la activación. Ella ha descubierto que el sistema de defensa de Halo es un arma diseñada para matar toda la vida sensible en la galaxia, lo que negará los cuerpos huéspedes que el Flood necesita para propagarse, una revelación que Guilty Spark confirma.

Ante esta información, el Jefe Maestro y Cortana deciden destruir Halo para evitar su activación. Mientras luchan contra el Diluvio, el Pacto y los Centinelas de Guilty Spark, Cortana descubre que la mejor manera de lograrlo es provocar la autodestrucción del Pilar de Otoño estrellado. Sin embargo, se necesita la autorización del Capitán Keyes para destruir el Otoño, lo que obliga al Jefe y a Cortana a volver a la Verdad y Reconciliación, ahora infestada de Flood, para buscarlo. Sin embargo, cuando llegan a Keyes, éste ha sido infectado más allá del punto de no retorno por el Flood. El Jefe Maestro recupera los implantes neurales de Keyes directamente de su cerebro y se retira al Otoño, donde Cortana activa la secuencia de autodestrucción de la nave. Sin embargo, 343 Guilty Spark reaparece y desactiva la cuenta atrás, descubriendo el registro de la historia humana en el proceso. El Jefe Maestro desestabiliza manualmente los reactores de fusión del Pilar de Otoño, y él y Cortana escapan por poco de la destrucción del anillo mediante un caza. Cortana escanea el espacio cercano y descubre que aparentemente son los únicos supervivientes. Cortana justifica los sacrificios de los demás humanos en Halo, afirmando que no tenían otra opción debido a la amenaza que suponían Halo, el Covenant y el Flood. Cortana cree que todo ha terminado, pero el Jefe Maestro le dice que sólo están empezando.

En una breve escena post-créditos, se ve a 343 Guilty Spark huyendo de la destrucción de Halo y hacia lo desconocido del espacio profundo.