Metal Slug 2

El general Donald Morden, el antagonista del primer juego, ha vuelto con su ejército, empeñado en conquistar el mundo. Depende del escuadrón del Halcón Peregrino, al que ahora se unen dos nuevos personajes: Eri Kasamoto y Fiolina Germi, de la Unidad de Inteligencia de los Gorriones, para salvar el día. A medida que se desarrollan los niveles, resulta que Morden se ha aliado con los marcianos para facilitar sus planes. Finalmente, las tornas cambian cuando Morden es atacado y traicionado por sus aliados marcianos. Se forma una alianza ad hoc entre el escuadrón del Halcón Peregrino y el ejército del general Morden para combatir la gran amenaza alienígena.