Metroid Fusion

El juego comienza con Samus Aran actuando como guardaespaldas del equipo de investigación de Biologic en el planeta SR388. Finalmente, un Hornoad se enfrenta a ellos y es asesinado por Samus. Sin embargo, un organismo amarillo globular (una X) emerge del Hornoad al ser destruido y entra en el cuerpo de Samus.
Sin sentir ningún efecto inicial, Samus sigue acompañando a los investigadores y completa la misión. Sin embargo, en el camino de vuelta al laboratorio, Samus pierde el conocimiento y su nave de combate se estrella contra un cinturón de asteroides. Los sistemas de emergencia de la nave expulsan automáticamente la cápsula de escape de Samus, salvándola del accidente, pero su cañonera queda completamente destruida. Samus es atendida rápidamente por un equipo médico, que descubre que la criatura que entró en su cuerpo en el SR388 era en realidad un organismo parásito al que pronto llamaron X.

Samus infectada 2
Samus, infectada por el parásito X.
Los componentes orgánicos del traje de poder de Samus se habían integrado de tal manera en su sistema que no podían ser eliminados mientras ella estaba inconsciente. Hubo que extirpar quirúrgicamente grandes partes de su traje infectado, lo que alteró drásticamente su aspecto. Sin embargo, la X en el sistema nervioso central de Samus estaba demasiado incrustada para ser extraída con seguridad; las posibilidades de supervivencia de Samus eran inferiores al uno por ciento.
Los Metroids son el único depredador conocido de los X; sin embargo, como Samus destruyó todos los Metroids en SR388 en una misión anterior, los X pudieron multiplicarse sin control. Viendo esto como la clave para curarla, los médicos propusieron utilizar una célula Metroid del Bebé Metroid muerto de Samus para hacer una vacuna anti-X. Al parecer, la Federación había conseguido conservar un cultivo de células del Bebé que salvó a Samus mientras estaba en Zebes por segunda vez. El suero se preparó y se inyectó sin demora, erradicando por completo a los X. Sin embargo, hubo dos efectos secundarios: Samus ya no podía ser herida por los X normales e incluso podía absorberlos para reponer salud y munición, pero también heredó la vulnerabilidad de los Metroides al frío.

Tras recuperarse, Samus es enviada a investigar una explosión en la estación de investigación de los Laboratorios Espaciales Biológicos, donde se encuentran los especímenes del SR388 y las piezas infectadas de su Power Suit. Una vez que llega a la estación, Samus se dirige inmediatamente a la Bahía de Cuarentena, donde encuentra y mata a un Hornoad que ha sido infectado por un parásito X. Samus habla con el ordenador de su nueva nave (al que ha bautizado como "Adam", ya que le recuerda a un antiguo comandante) y se entera de que los especímenes traídos por el equipo de campo han sido infectados por el X. El ordenador también revela que el X puede utilizar el ADN de su presa para crear una copia perfecta, lo que significa que cualquier vida orgánica de la estación también puede estar infectada.

SA-X 1
El SA-X.
Mientras sigue explorando la estación, Samus descubre que los X han utilizado las partes infectadas de su Power Suit para crear una copia de la propia Samus, apodada SA-X (o Samus Aran-X). Dado que el SA-X surgió del traje de poder de Samus totalmente mejorado, tiene todas sus habilidades potenciadas, como demuestra el uso de una bomba de poder para escapar de la bahía de cuarentena. Al explotar la bomba, el SA-X también destruyó las cápsulas que contenían los especímenes X, liberándolos a todos en la estación. En su investigación de la estación, Samus tropieza con el laboratorio restringido de la instalación. Allí encuentra docenas de infantes metroides y varios más en varias etapas de madurez, todos en éxtasis; estos eran los resultados de un proyecto de clonación del que Samus no tenía conocimiento. Poco después de que Samus los descubra, el SA-X intenta destruir a sus depredadores, pero su plan resulta contraproducente: los Metroides se liberan y, como resultado, se activan los dispositivos de seguridad de emergencia. Samus escapa a duras penas antes de que el laboratorio se bloquee por completo y salga despedido de la estación, explotando sobre SR388.
Tras el incidente en el Laboratorio Restringido, Samus habla con el ordenador de su nave, que está enfadado por el descubrimiento y posterior destrucción de los Metroides. El ordenador le explica que la Federación ha estado trabajando en secreto en un programa de cría de Metroides, para "aplicaciones pacíficas". El ordenador revela que el entorno SRX de la estación, una réplica del ecosistema SR388, era ideal para criar Metroides Alfa, Gamma, Zeta e incluso Omega. La investigación descubrió técnicas para el crecimiento rápido, permitiendo que un infante crezca hasta convertirse en un Metroide Omega en apenas unos días. Por desgracia, los SA-X habían seguido la pista de Samus y la habían conducido hasta el laboratorio. Para sorpresa de Samus, el ordenador también menciona que el SA-X se ha estado reproduciendo asexualmente y que hay nada menos que 10 a bordo de la estación.

Más tarde, el ordenador le dice a Samus que ya ha causado suficientes daños y le indica que deje el resto de la investigación en manos de la Federación. Al parecer, la Federación se ha interesado por el X y el SA-X y cree que esta forma de vida tiene infinitas aplicaciones. Samus, que ha visto las capacidades destructivas del SA-X de primera mano, se opone rotundamente a ello. Está convencida de que los X arrollarán a las tropas de la Federación en cuanto aterricen, absorbiendo sus poderes y conocimientos en el proceso. Si esto ocurre, podrían extenderse fácilmente por toda la galaxia y "la civilización galáctica acabará".

Como alternativa, Samus decide activar el mecanismo de autodestrucción de la estación para destruir a los X, arriesgando su propia vida en el proceso. Sin embargo, el ordenador de su nave ha encerrado a Samus en una Sala de Navegación, ya que la Federación ha ordenado mantenerla confinada hasta su llegada. Desesperada, Samus grita al ordenador: "No dejes que hagan esto. ¿No ves lo que va a pasar, Adam?". Desconcertada por el uso del nombre, la computadora pregunta quién era ese Adam. Samus revela que había sido su anterior oficial al mando y que había muerto salvando su vida. Aparentemente conmovido por la revelación de Samus, el ordenador está de acuerdo con el plan, y sugiere que si Samus alterara la órbita de la estación, entonces podría incluir el planeta en la explosión, asegurando así la destrucción de los X en el planeta SR388 así como los de la estación. En ese momento, Samus se da cuenta de que el ordenador de su nave es realmente Adam Malkovich, cuya personalidad había sido cargada en un ordenador antes de su muerte.

Samus se dirige a la sala de operaciones, donde se enfrenta a un SA-X. Consigue derrotarlo, pero su Core-X escapa antes de que pueda absorberlo. Ignorando su huida, Samus inicia la secuencia de autodestrucción y se apresura a volver a su nave. Sin embargo, encuentra el muelle en ruinas y su nave desaparecida. Antes de que pueda reaccionar ante la situación, aparece un Omega Metroid, que aparentemente ha escapado del Laboratorio Restringido antes de su destrucción y ha crecido hasta alcanzar su tamaño completo en un tiempo récord. Samus no posee ningún arma capaz de dañar al Metroid, y un solo golpe de su garra reduce sus reservas de energía a una unidad. Cuando el Omega Metroid se prepara para acabar con ella, el SA-X regresa y ataca al Metroid con su Rayo de Hielo, hiriéndolo. Sin embargo, estaba muy debilitado por su lucha con Samus y es rápidamente derrotado por la Metroid. Esta vez, el Core-X se cierne sobre Samus, permitiéndole absorberlo y obtener el "Traje sin nombre", así como el Rayo de Hielo, y restaurando su condición genética a su estado anterior a la vacuna. Usando sus habilidades recuperadas, Samus lucha y mata al Omega Metroid tras una feroz lucha. Tras la batalla, la nave de Samus vuelve a entrar en la bahía, pilotada por el ordenador, Adam, y los mismos Etecoons y Dachoras a los que salvó en la anterior misión a Zebes y más tarde en la cubierta de habitabilidad.

Cuando Samus sale de la estación, se muestra estrellándose contra SR388, destruyendo tanto la estación como el planeta, librando al universo de los X para siempre.

Reflexionando sobre sus acciones, Samus duda que la gente entienda por qué destruyó el X, ni que se den cuenta del peligro que apenas se evitó. Samus cree que se la considerará responsable por desafiar a la Federación, pero Adam la consuela diciéndole: "No te preocupes. Uno de ellos lo entenderá. Uno de ellos debe hacerlo". En una última reflexión, Samus continúa diciendo: "Todos estamos limitados por nuestras experiencias. Son los límites de nuestra conciencia. Pero al final, el alma humana siempre alcanzará la verdad... Esto es lo que me enseñó Adam".