Mystical Ninja Starring Goemon

La historia sigue la lucha de Goemon por evitar que la banda de los Shogunes de la Montaña del Melocotón convierta Japón en un teatro de bellas artes occidentalizado. La trama requiere tres largometrajes musicales cinematográficos y batallas entre robots gigantes; al igual que otros juegos de Ganbare Goemon, está salpicada de humor surrealista y anacronismos.

El protagonista de Mystical Ninja es Goemon, un ninja de sangre caliente, con kiseru y pelo azul y tupido, basado en el legendario ladrón Ishikawa Goemon. El señor de Oedo le pide que encuentre a los que mutilaron el castillo de Oedo. Goemon vive en la ciudad de Oedo y es amigo de Ebisumaru, un extraño gordo glotón que lleva un pañuelo azul. Ebisumaru se define como perezoso y pervertido. Su amigo lanzador de kunai, Sasuke, es un ninja mecánico (fabricado por el Sabio de Iga) que disfruta de los baños calientes y del té japonés. Los héroes se completan con Yae, una feroz kunoichi con espada, que se encuentra con la banda de Goemon en la ciudad de Zazen. Los villanos del juego proceden de la organización Peach Mountain Shoguns e incluyen una banda de cuatro "bichos raros" liderada por Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) y Kitty Lily (Margaret Ranko). Pretenden transformar Japón en un escenario para sus talentos.