Ratchet & Clank Future: A Crack in Time

Continuando con el final de Quest for Booty, Clank ha sido secuestrado por los Zoni a un lugar llamado el Gran Reloj en nombre del robot Dr. Nefarious, que intenta descubrir el secreto de la instalación de él. Nefarious intenta acceder a los bancos de memoria de Clank para obtener la clave de algo llamado la Cámara de Orvus, pero no se lo permiten los Zoni. Entonces Nefarious libera su Revolver Hipersónico de Ondas Cerebrales, lo que hace que los Zoni huyan y se produzca un apagón. Cuando se restablece la energía, Clank se ha despertado e intenta escapar, pero es atrapado por Nefarious y su mayordomo, Lawrence, e inmovilizado de inmediato.
Más tarde, Clank se despierta y se encuentra con un robot llamado Sigmund, que es el cuidador subalterno de las instalaciones, sin que haya rastro de Nefarious y sus tropas. Mediante el uso de unas estaciones llamadas cámaras mnemónicas que acceden a sus bancos de memoria, Clank se entera de que el Gran Reloj fue construido por el científico zoni Orvus como medio para curar los daños causados al universo por el excesivo mal uso del viaje en el tiempo. Una parte de Orvus aún reside en los bancos de memoria de Clank, colocada allí cuando los Zoni construyeron a Clank para que un día éste pudiera asumir el manto de cuidador principal, con la ayuda de los Zoni. Clank también se entera de que su padre se fue a un puesto de avanzada en Zanifar y nunca regresó al Reloj.
Mientras tanto, Ratchet y Qwark exploran el Sistema Breegus en busca de información sobre Clank y Nefarious. Se enteran de la existencia de un "exiliado" que también está luchando contra Nefarious, y rastrean al ser hasta otro Lombax, el general Alister Azimuth. Mientras exploran el Cañón de Krell en busca de un Ojo de Obsidiana para hablar con Clank, Azimuth le dice a Ratchet que sabe de sus padres y que fue culpa suya que el Emperador Tachyon pudiera llegar al poder, al haber compartido con él el genio técnico de los Lombax. Cuando los Lombaxes se fueron a otra dimensión, Azimuth fue obligado a quedarse atrás como castigo por sus "crímenes". Azimuth también le habla a Ratchet del Gran Reloj, y de que tal vez puedan utilizarlo para traer de vuelta a los Lombaxes a este universo. Después de hablar con Clank a través de un Ojo de Obsidiana y de salvar a Qwark de un grok de guerra llamado Bola de Nieve, Ratchet utiliza un portal del tiempo en Zanifar para averiguar qué le ocurrió a Orvus. Nefarious capturó al Zoni para intentar entrar en la Cámara de Orvus, pero fracasó después de que Orvus se desvaneciera en el aire. Ratchet consiguió escapar y salvar a Azimuth del secuaz de Nefarious, Lord Vorselon. (Pero no antes de alterar la apariencia de Nefarious dándole a su yo del pasado una cicatriz permanente en su ojo derecho)
Ratchet y Azimuth consiguen liberar a Clank de otro grupo de secuaces de Nefarious, las Valkirias. Clank consigue entonces persuadir a Ratchet de que el plan de Azimuth de utilizar el Reloj destruiría inevitablemente el universo, lo que hace que Azimuth se vaya triste. Ratchet, Clank y Qwark lanzan entonces una misión de sigilo a bordo de la base de Nefarious, pero finalmente son atrapados. Antes de lanzar a Ratchet y Clank en un asteroide al espacio profundo, Nefarious revela que planea utilizar el Gran Reloj para retroceder en el tiempo y frustrar a los distintos héroes del universo y crear un presente en el que los villanos siempre reinen. El asteroide de Ratchet y Clank se estrella contra un planeta cercano (el Planeta Morklon), aunque los dos salen ilesos gracias a que los Zoni los protegen. Ven que el mundo en el que aterrizaron fue destruido. Un fongiod sobreviviente llamado Yurik reveló que esto fue causado por los Agorianos hace diez años y contó la historia de la batalla del Valle Gimlick. Un día los agorianos atacaron repentinamente la pacífica aldea y capturaron a muchos aldeanos fongiod. El líder de la tribu y un ejército de soldados se reunieron para luchar, sólo para que el líder de la tribu fuera asesinado y los Agorianos destruyeran la presa aniquilando la aldea Fongoid. Utilizan un portal temporal similar de Zanifar para rescatar a los Fongoides del pasado diez años atrás a la batalla del valle de Gimlick. Entran en combate con los Agorianos salvando al niño Yurik que le dice a Ratchet que salve a los prisioneros. Tras liberar a los prisioneros con ayuda de los Fongoides, se enfrentan al Comandante Argos, un general agoriano que pilotaba su nave. El dúo destruye la nave mientras se hunde en la presa. Los Fongoides vitorean en la victoria y entonces el dúo vuelve al presente donde ven un pueblo diferente más pacífico del valle de Gimlick. Donde los dúos se sorprenden son setos gigantes en memoria del dúo y es el aniversario de 10 años del día en que el dúo salva la aldea de Fongiod. El dúo se encuentra con un Fongiod al que le piden que les preste la nave conmemorativa que Argos utilizó durante la batalla y que aparentemente ha sido recuperada y reparada desde que cayó en la presa. El dúo vuelve con Nefasto para enfrentarse a él de nuevo antes de que pueda llegar al Reloj. Consiguen derrotarlo a bordo de su nave, pero Lawrence consigue escabullirse en la cápsula de escape mientras la nave se desvía hacia la base de Nefarious. Justo cuando la nave está a punto de impactar, Azimuth llega para rescatar a Ratchet y Clank. Mientras el dúo corre hacia la nave de Azimuth, la nave de Nefarious se estrella contra ella y destruye la base.
El grupo regresa al Gran Reloj, donde Clank está listo para reanudar sus tareas. Sin embargo, Ratchet y Clank le niegan a Azimuth la posibilidad de utilizar la máquina para traer de vuelta a los Lombax. Azimuth estalla de repente, furioso porque Ratchet ya no quiere lo que él hace. Su ambición se convierte en corrupción y dispara su arma contra Ratchet, haciéndolo caer por el borde de la plataforma y matándolo. Mientras Clank consigue dar caza al General, Sigmund intenta detenerlo, pero Azimuth lo supera, y entonces Clank se encierra en la Cámara de Orvus para evitar que Azimuth entre. Recordando las palabras de El Fontanero de que no se arriesgaría más de 6 minutos, Clank inicia un desplazamiento temporal para retroceder en el tiempo seis minutos, donde es capaz de empujar a Ratchet fuera del camino de la explosión de Azimuth y alterar los acontecimientos. Ratchet y Azimuth corren entonces a través de una barandilla para entrar en la Cámara de Orvus. El dúo llega demasiado tarde y Azimuth activa el Reloj para retroceder y tratar de llevar a los Lombax a casa. Ratchet lucha entonces contra Azimuth con el destino de todo el universo en juego. Mientras él y Ratchet luchan, el Reloj empieza a desmoronarse a su alrededor, incapaz de soportar la tensión de un desplazamiento tan masivo. Mientras Ratchet le grita que deje de hacer lo que ha hecho, Azimuth se da cuenta de su error. Le dice a Ratchet que "se cuide" y da su propia vida para evitar que el Reloj se autodestruya, utilizando su llave inglesa para sustituir la palanca rota y girarla. Sin embargo, al hacerlo, es alcanzado por una explosión de energía letal del Reloj roto y muere.
Después de que los Zoni reparen la cámara, Ratchet se despide de Clank, deseándole lo mejor mientras se aleja. Clank, al escuchar de nuevo las palabras grabadas de Orvus, se da cuenta de que no puede quedarse porque no puede dejar a Ratchet hasta que encuentre a su familia, ya que las acciones de Ratchet ayudaron a encontrar el hogar de Clank. Clank asciende a Sigmund a cuidador principal y, mientras Orvus dice de fondo que su hijo puede hacer lo que le haga sentir completo, se reúne con Ratchet justo cuando está a punto de marcharse. Juntos, se elevan hacia las estrellas para vivir otra aventura.