Red Faction: Guerrilla Re-Mars-tered

Alec Mason, un ingeniero de minas, llega a la región marciana de Tharsis para reunirse con su hermano Dan y comenzar una nueva vida. Mientras trabaja, Dan testifica sobre la crueldad de la Fuerza de Defensa de la Tierra (EDF) hacia el pueblo marciano y le pide a Alec que se una a la Facción Roja, de la que Dan es miembro. Poco después, Dan es abatido por el apoyo aéreo de un equipo de asalto de la EDF. Alec es rescatado por los guerrilleros de la Facción Roja y se convierte, a regañadientes, en un luchador por la libertad del grupo junto al ávido inventor "Sam" Samanya, el psicópata incoherente Randy Jenkins y el comandante Hugo Davies (aunque en el juego se le conoce como comandante de la RF). Entre el mando de Davies y la habilidad y valentía de Alec, la EDF es rápidamente expulsada del sector conocido como Parker.

La campaña contra el EDF continúa en el sector Dust, y Alec acaba siendo asignado a la vigilancia rutinaria de los Marauders, una misteriosa y violenta tribu guerrera que vive en las inhóspitas Badlands, con la esperanza de recuperar las armas robadas. Alec les sigue la pista hasta una base abandonada de Ultor, que pronto se ve sometida a un asalto masivo por parte de la EDF. Durante la refriega, Alec escapa con un dispositivo llamado Nano Forge. Esto llama la atención del almirante Kobel, comandante de una poderosa nave de guerra llamada Hydra, junto con el general Roth, comandante de las fuerzas de la EDF en Marte, que declara a Alec Mason proscrito. El general Roth dirige su atención a Dust y la EDF responde retirándose del sector y ordenando a la base de artillería de la Zona de Fuego Libre que bombardee Dust hasta el olvido. A Alec se le encomienda la tarea de salvar del bombardeo a los miembros de la Facción Roja y a la información de la EDF, cosa que consigue.

Alec pierde temporalmente la fe en el movimiento, alegando que, por muy decididos que sean sus esfuerzos, el EDF simplemente los bombardeará hasta la sumisión. Sin embargo, Sam analiza la Nano Forja y descubre que puede crear nanocitos catastróficos que pueden desintegrar cualquier objeto. Construye un prototipo de rifle con el dispositivo y lo confía al cuidado de Alec.

Tras determinar una serie de puntos ciegos en su cobertura, comienza una exitosa carrera contra una base de artillería del EDF, lo que permite al grupo comenzar a llevar la lucha a los territorios del EDF, La Facción Roja se prepara para lanzar una ofensiva masiva coordinada contra el EDF. En consecuencia, el EDF organiza un asalto contra la Facción Roja, lo que provoca el aborto de la ofensiva, la aniquilación del campamento de Badlands y la muerte del comandante Davies. Sólo Sam, Alec y un puñado de combatientes sobreviven al asalto. Después se enteran de que la Hydra se está acercando a Marte y que Kobel tiene la intención de utilizar su potencia de fuego para acabar con la Facción Roja y, si es necesario, con toda la vida planetaria. Sam declara que necesitan el apoyo de los Merodeadores si quieren continuar su campaña. Cuando Alec se muestra dudoso, ella revela que ella misma fue un Merodeador. La pareja se dirige a una fortaleza merodeadora para reunirse con su gobernante, Vasha, la hermana de Sam. Sam solicita el uso de la tecnología del acelerador de partículas de los Merodeadores, con planes de combinarla con la Nano Forja, creando un arma capaz de destruir a la Hidra. Vasha acepta que la Facción Roja utilice su tecnología a cambio de la posesión de la Nano Forja una vez finalizada la guerra.

Después de capturar una estación de transmisión y utilizarla para reagrupar a la Facción Roja, Sam y Alec dirigen a la Facción Roja restante y a los Marauders en un asalto final al Mando Central de la EDF. Los dos grupos convergen en el monte Vogel para ensamblar la máquina, pero una blitzkrieg del EDF por sorpresa, dirigida por el general Roth, acaba con los Marauders que custodian el extremo de la cumbre del acelerador y con Vasha. Alec asalta la montaña con un tanque de misiles modificado, derrotando al ejército del general Roth y matándolo. El plan de Sam tiene éxito y la Nano Forja acelerada consigue vaporizar a la Hidra. Mientras los supervivientes de Marte lo celebran, Sam declara que la guerra ha terminado, pero Alec responde que el EDF volverá, afirmando "Estaremos preparados para ellos". Alec y Sam se acercan a la multitud de civiles reunidos, y Alec levanta su martillo en el aire, mostrando el signo de la Facción Roja y su tan esperada victoria.