Shinobi - Vídeo

El juego tiene ocho niveles, cada uno de ellos dividido en dos secciones, y con jefes a lo largo del camino. El esquema de control te permite correr, atacar, saltar y lanzar shurikens. También hay una función de bloqueo. Cabe destacar que el juego también tiene algunas funciones ocultas, como mantener el ataque durante el bloqueo para realizar un ataque de carga, saltar dos veces y lanzar shurikens para realizar una ráfaga de shurikens, y una patada de aturdimiento al pulsar y atacar mientras se bloquea.

El objetivo principal de los niveles es matar. No es necesario buscar objetos, aunque los pergaminos de ninjutsu resultan útiles, y algunos niveles requieren que Hotsuma rompa pilares de piedra para continuar. Shinobi también contiene características de combo. Una de estas características es la llamada muerte "tate", por la que si se mata a los enemigos en cadena, se reproducirá una escena que matará a todos los enemigos a la vez y dejará caer más Yin para tu espada. La otra característica es que, a medida que Hotsuma mata con su espada maldita "Akujiki", la espada cambiará de color indicando diferentes multiplicadores de daño.