Teenage Mutant Ninja Turtles Double Pack

TMNT 2003:
El juego principal adapta libremente los siguientes episodios de la primera temporada: "Las cosas cambian", "Una mejor trampa para ratones", "El ataque de los ratoneros", "Conoce a Casey Jones", "Nano", "Oscuridad en la periferia de la ciudad", "El camino de la invisibilidad", "Notas del subsuelo" (partes 1-3) y "Regreso a Nueva York" (partes 1-3), así como un nivel que no procede en absoluto de la serie de animación.

Poco después de que un grupo de robots ratoneros destruya el antiguo hogar de las tortugas, éstas comienzan a buscar un nuevo hogar. Michelangelo acaba sacando de quicio a Raphael, haciendo que éste salga a la superficie. En la superficie, se enfrenta a los matones del Dragón Púrpura, Casey Jones y Dragonface. Baxter Stockman no tarda en utilizar ninjas invisibles con tecnología de pies para capturar a Raphael, y Donatello se ve obligado a rescatarlo. Después, mientras Raphael y Michelangelo se divierten, Donatello analiza un extraño cristal que ha encontrado en su casa, observando que parecen células cerebrales mutadas. Raphael golpea a Michelangelo contra una pared, revelando un gran túnel detrás de ella. El cristal de Donatello comienza a brillar y las tortugas deciden investigar. Siguen el túnel y se encuentran con humanos genéticamente mutados. Tras unos cuantos enfrentamientos con estos mutantes, las tortugas descubren que estos mutantes fueron convertidos en su estado actual por experimentos pasados de los científicos de Shredder. Los cristales que encontró Donatello son lo único que mantiene vivos a estos mutantes, que no pueden salir de su hogar subterráneo. Piden a las tortugas que derroten a Shredder, para que ningún otro humano sufra como ellos. Las tortugas deciden derrotar a Shredder de una vez por todas, y prometen a los mutantes que volverán a por ellos si encuentran una forma de revertir su estado.

TMNT 2: Battle Nexux:
El juego comienza con una batalla contra el Clan del Pie y Hun en el rascacielos de Oroku Saki. El Pie es derrotado, y el Maestro Splinter desaparece misteriosamente. Las Tortugas siguen el rastro hasta un edificio con el nombre de "T.C.R.I.", que resulta esconder un extraño secreto bajo su inocuo exterior: sus empleados son miembros de una raza alienígena parecida al cerebro, los Utroms. Mientras luchan contra estos nuevos y extraños enemigos, las Tortugas son teletransportadas accidentalmente a diferentes puntos de la galaxia, encontrándose con el profesor Honeycutt en D'Hoonib, y acaban siendo un fuego cruzado en la guerra entre los Triceratones y la Federación: ambos bandos van detrás del Fugitoide por su tecnología. En el camino, se encuentran con un cazarrecompensas intergaláctico llamado Slashuur. Se dice que es el cazarrecompensas más poderoso del universo, y Honeycutt escuchó leyendas sobre él cuando era pequeño. Irónicamente, Honeycutt es quien persigue a Slashuur, que ha sido contratado por los Triceratones para capturarlo. Después de que las Tortugas lo derroten, Slashuur revela que tiene conocimiento de Hamato Yoshi antes de marcharse. Antes de escapar del mundo de los Triceratones, las Tortugas se hacen amigas y liberan a un noble guerrero Triceratón que había sido obligado a luchar como gladiador, Traximus.

Al regresar a la Tierra y al edificio del T.C.R.I., se revela que los Utroms habían rescatado a un Splinter herido y lo estaban cuidando. Los Utroms colocan a los TMNT y a Splinter en una máquina de realidad virtual para explicarles mejor sus orígenes. Hace cientos de años, los Utroms viajaban a través de la galaxia, transportando a un pícaro asesino de su especie, Ch'rell. Su nave se estrella en la Tierra, en el país de Japón. Ch'rell escapa, mientras que los utroms se ven obligados a esperar a que la tecnología de la Tierra se ponga a la altura de la suya para poder volver a casa. Algún tiempo después, tras conseguir la ayuda de algunos humanos como Ninja Guardianes, los Utroms son emboscados por un señor de la guerra fuertemente blindado conocido como La Trituradora. Mientras tanto, en el mundo real, Baxter Stockman sabotea la máquina de realidad virtual, y los peligros de su interior se presentan como reales para las Tortugas y Splinter. Tras derrotar a Shredder y a su Ninja Pie Feudal, las Tortugas se encuentran con el Utrom Mortu, que les da un dispositivo que les permite volver al mundo real. Desgraciadamente, cuando llegan allí, encuentran a Shredder y al Pie atacando el edificio del T.C.R.I. Durante su lucha, colocan un dispositivo de destrucción orgánica y los Utrom escapan a través de su Transmat. Las Tortugas derrotan a Shredder antes de que pueda perseguirlas, y se revela que no sólo es este Shredder el mismo que vieron en el Japón Feudal, sino que también es el malvado Utrom Ch'rell. Las Tortugas escapan del edificio antes de que el dispositivo explote, pero Ch'rell no tiene tanta suerte.