Teenage Mutant Ninja Turtles: Smash-Up

La trama consiste en que Splinter organiza un torneo para sus hijos, Casey Jones y April O'Neil; el propio Splinter también decide participar en el torneo. Después de coronar al ganador, se les dice que elijan un trofeo y algo del gabinete personal de Splinter. Sin embargo, de repente, el profesor Honeycutt les llama por la línea de socorro, diciéndoles a las Tortugas que ha sido secuestrado por Shredder. Shredder irrumpe en la comunicación e indica que la línea no es segura y se burla de las Tortugas, diciendo que no recuperarán a Fugitoid. Reflexionando en el exterior, aparece Karai y dice que el Triturador capturó a Fugitoid para obligarle a hacer un Transmat para teletransportar a sus ejércitos por todo el mundo.

Tras derrotar a El Triturador, Karai revela que utilizó a las Tortugas para deshacerse del Triturador y así poder usurpar el Clan del Pie a su padre. Shredder se levanta de nuevo y Leonardo le da una patada a Karai. Honeycutt acciona el interruptor del Transmat, sobre el que han aterrizado Shredder y Karai, y los teletransporta a lugares desconocidos. De vuelta a las alcantarillas, Splinter entrega los premios al vencedor del torneo.

El juego viene con un cómic que describe la historia hasta antes de la derrota de Shredder. Entre las escenas que no aparecían en el juego se encuentra la de Donatello manipulando el Cetro del Tiempo de Renet para transportarlos a la base de Tōkyō de Shredder, pero funciona mal y atraviesan el tiempo, lo que explica los extraños escenarios como el Viejo Oeste y el Castillo Japonés. Al teletransportarse por primera vez con el Cetro, un caimán gigante irrumpe a través de una pared de alcantarilla, que es transportada accidentalmente a una selva amazónica, lo que explica por qué el peligro de la etapa del caimán está en las etapas de Alcantarilla y Amazonas. Mientras están en el castillo japonés, las Tortugas se enfrentan a un ejército de samuráis, que resultan ser el demonio japonés conocido como Oni. La historia termina después de que Fugitoid sea rescatado, y la Trituradora aparezca para la batalla.