Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

La historia se desarrolla miles de años en el futuro, cuando la humanidad ha abandonado hace tiempo la Tierra, que ahora se llama Jerusalén Perdida, y ha fundado un imperio estelar. La principal amenaza a la que se enfrenta la humanidad es la aparición de una raza alienígena superpoderosa llamada Gnosis. La historia se retoma justo después de los acontecimientos finales del primer episodio. Shion Uzuki, la joven ingeniera que diseñó el poderoso androide KOS-MOS, llega con sus amigos al planeta Second Miltia. Su objetivo es aprender más sobre la herencia del difunto genio científico Joachim Mizrahi, y frustrar los planes de los misteriosos antagonistas Albedo y Margulis. Jin Uzuki, el hermano de Shion, que sólo se menciona en el primer capítulo, se convierte en un importante personaje controlable en el segundo episodio. Gran parte del contenido de la trama se dedica a explorar el pasado y los orígenes de Jr., así como su conexión con Albedo.