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Il gioco si svolge nel 2037.

La storia inizia il 6 febbraio 2036, quando un incidente che coinvolge i computer impazziti distrugge molte grandi città del mondo. L'enorme disastro prende il nome di "Problema 2036", ma si prevede che un incidente simile si verificherà nel 2038. Un gruppo di scienziati usa il supercomputer Gaia per creare un "simulatore della Terra" per evitare che ciò accada, ma fallisce perché il potenziale di nascita degli esseri umani è diminuito drasticamente.

Gli scienziati introducono quindi la formula del "Messaggio di Arecibo" nel simulatore terrestre, riuscendo a portare l'umanità in un altro mondo. All'inizio sono entusiasti, finché non si rendono conto che gli esseri umani nel Simulatore Terra hanno creato essi stessi un altro Simulatore Terra. Gli scienziati iniziano a sospettare di essere in realtà solo il prodotto di un Simulatore Terrestre di creature che si trovano al di sopra di loro.

La storia è incentrata su Takaoka Pollon, un hacker che ha la capacità di "salvare e caricare" come in un videogioco. Utilizzando il suo Hacking Trigger System, può intervenire sulla linea del mondo che lo circonda.