Aquanaut's Holiday: Hidden Memories

La modalità storia del gioco può essere paragonata a un gioco d'avventura. Il personaggio principale, senza nome, è un giornalista alla ricerca dell'oceanografo William "Bill" Graber, scomparso. Utilizzando un sottomarino chiamato Dolphin No.2, esplora i mari alla ricerca di indizi.

Il gioco si svolge nell'atollo di Kisira, in Polinesia. Una struttura di ricerca oceanografica chiamata Base Kisira è il punto di partenza e il luogo in cui si torna sempre per rifornirsi di materiali (come le batterie per le boe di navigazione sonar) e attrezzature.

Alla base lavorano due scienziati, la giovane e sognatrice Jessica Porter e il capo conservatore Robert Kemelman. Entrambi vi aiutano a risolvere i misteri, ognuno a modo suo. A Jessica piace credere alle favole e alle leggende, mentre Robert di solito propone una spiegazione scientifica.

Tutti i pesci, gli animali e le altre scoperte vengono inseriti in un database. Alcuni pesci possono comunicare e il giocatore deve ripetere i suoni emessi da un pesce, utilizzando i quattro pulsanti del controller Sixaxis.

L'area sbloccata della mappa è sempre libera di essere esplorata a piacimento.