Halo 3

Dopo gli eventi del fumetto Halo: Uprising, Master Chief si schianta in Africa orientale, dove viene trovato da Johnson e dall'Arbiter. Chief, Johnson e la compagnia combattono i Covenant nella giungla e arrivano a un avamposto dell'UNSC. Qui, Keyes e Lord Hood pianificano un ultimo sforzo per impedire al leader Covenant, l'Alto Profeta della Verità, di attivare un artefatto Forerunner scoperto fuori dalle rovine della città di New Mombasa. Il Capo elimina le difese antiaeree Covenant in modo che Hood possa guidare le ultime navi terrestri contro il Profeta, ma Verità attiva l'artefatto sepolto, creando un portale slipspace in cui lui e i suoi seguaci entrano. Una nave infestata dal Flood si schianta nelle vicinanze; le forze d'Elite arrivano e vetrificano le aree della Terra infettate dal Flood, fermando la minaccia. Seguendo un messaggio lasciato da Cortana a bordo della nave Flood, il Capo, l'Arbiter, gli Elite, Johnson, Keyes e le loro truppe seguono Truth attraverso il portale. A loro si unisce 343 Guilty Spark, che aiuta il Capo in quanto non ha più alcuna funzione da svolgere dopo la distruzione del suo mondo circolare.
Viaggiando attraverso il portale, gli umani e gli Elites scoprono un'immensa struttura artificiale nota come Arca, ben oltre i confini della Via Lattea. Qui, Verità può attivare a distanza tutti gli Halos. I Flood arrivano a bordo di High Charity in piena regola e iniziano a infestare l'installazione. Verità cattura Johnson, poiché ha bisogno di un umano per utilizzare la tecnologia Forerunner. Keyes viene ucciso nel tentativo di salvarlo e Johnson è costretto ad attivare gli anelli. Gravemind crea una tregua con il Capo e l'Arbiter per fermare Truth. L'Arbiter, Master Chief e le forze Flood arrivano e travolgono le guardie di Truth, salvando Johnson e bloccando l'attivazione delle installazioni. Dopo che l'Arbiter ha ucciso Truth, Gravemind si rivolta contro il Capo e l'Arbiter.
Il Capo, l'Arbiter e la Guilty Spark scoprono che l'Arca sta costruendo un altro Halo per sostituire quello precedentemente distrutto dal Capo. Il Capo decide di attivare questo Halo; il mondo ad anello eliminerebbe l'infestazione Flood sull'Arca e risparmierebbe la galassia in generale dalla distruzione. Per attivare l'anello, il Capo salva Cortana, che ha l'indice di attivazione dell'Halo distrutto, da High Charity e distrugge la città. Arrivata sul nuovo Halo, Cortana avverte che Gravemind sta cercando di ricostruirsi sull'anello. Il Capo, Arbiter e Johnson si recano nella sala di controllo di Halo per attivare l'anello. Guilty Spark spiega che, poiché l'anello non è ancora completo, un'attivazione prematura distruggerà l'anello e l'Arca. Quando Johnson ignora il suo avvertimento, Guilty Spark lo ferisce mortalmente per proteggere il "suo" anello. Il Capo distrugge Guilty Spark, attiva l'anello e sfugge all'autodistruzione dell'anello sulla fregata dell'UNSC Forward Unto Dawn. Tuttavia, la forza dell'esplosione di Halo provoca il collasso del portale slipspace, facendo sì che solo la metà anteriore della Forward Unto Dawn, che trasporta l'Arbiter, riesca a tornare sulla Terra.
Sulla Terra si tiene una cerimonia commemorativa per gli eroi caduti nella guerra tra Umani e Covenant, durante la quale l'Arbiter e Lord Hood si scambiano brevemente alcune parole sul caduto Master Chief. Dopo la cerimonia commemorativa, l'Arbiter e i suoi fratelli dell'Elite partono per il loro pianeta natale, Sanghelios. Nel frattempo, la metà posteriore della Forward Unto Dawn va alla deriva nello spazio sconosciuto. Cortana lancia un segnale di soccorso, ma riconosce che potrebbero passare molti anni prima che vengano salvati. Il Capo entra in sonno criogenico, dicendo a Cortana di "svegliarmi quando ne avrete bisogno". Se il gioco viene completato al livello di difficoltà Leggendario, la scena continua a mostrare il pezzo di Forward Unto Dawn alla deriva verso un pianeta sconosciuto, che nel sequel si rivela essere conosciuto come "Requiem", l'ambientazione principale della campagna di Halo 4.