Mega Man 9

È l'anno 20XX. Dall'ultima sconfitta del Dr. Wily, il Blue Bomber ha visto tornare la pace.

Proprio quando la gente si è dimenticata del Dr. Wily, i robot di tutto il mondo hanno iniziato a impazzire. Ben presto divenne evidente che questi robot erano quelli creati dal Dr. Light. Mentre le telefonate giungevano al laboratorio di Light, il Dr. Wily interruppe tutti i programmi televisivi per annunciare che queste rivolte robotiche non erano opera sua. Ha poi continuato a mostrare prove video che dimostravano il coinvolgimento del Dr. Light nelle recenti esplosioni di violenza. Come se non bastasse, Wily ha fornito il numero di conto corrente del suo conto bancario personale e ha annunciato che avrebbe accettato donazioni per costruire il suo esercito di robot per contrastare quello di Light. Mega Man si offre subito volontario per ripulire il nome di Light e viene inviato a indagare sulla fonte del problema.

In breve tempo, la polizia si presenta ai Laboratori Light per arrestare il buon dottore, ma Light si mette tranquillamente a disposizione per dimostrare la sua innocenza. Nel frattempo, Mega Man si mise alla ricerca dei Robot Master e, dopo averne sconfitti alcuni, scoprì che erano stati programmati per essere smantellati e inviati allo sfasciacarrozze perché avevano raggiunto la data di scadenza assegnata loro dal governo. Una volta abbattuto l'ultimo Robot Master, Mega Man riportò ad Auto una delle unità di memoria interna del robot per indagare. Si scoprì che il Dr. Wily aveva riprogrammato i robot, che erano destinati alla demolizione, per ribellarsi ai loro padroni umani piuttosto che essere distrutti. I robot volevano solo avere uno scopo e non volevano certo essere mandati al macero.

Dopo aver visto il video, il Dr. Wily irruppe nel loro laboratorio e rubò il circuito di memoria, per poi ritirarsi nel suo castello di Wily appena costruito. Mega Man si fece strada attraverso la fortezza, combattendo contro potenti robot costruiti con i soldi che Wily aveva ricevuto dalle donazioni di coloro che erano interessati alle rivolte dei robot. Alla fine, Mega Man sconfisse ancora una volta Wily e gli mostrò il filmato di ogni singola sconfitta subita da Wily. Sebbene Wily sembrasse contrito e si scusasse, ingannò Mega Man facendogli credere che il Dr. Light fosse in realtà imprigionato in una cella nella stanza accanto. Nonostante Proto Man lo avesse avvertito che si trattava di una trappola, Mega Man andò a indagare nella cella e fu fulminato dall'esca del Dr. Light che si trovava nella cella. Mentre il laboratorio di Wily si autodistrugge, Proto Man torna e teletrasporta Mega Man fuori dal laboratorio appena in tempo.

Alla fine, Light viene rilasciato dalla prigione. Trovò quindi uno scopo utile per tutti i Robot Master che aveva progettato e che avevano raggiunto la loro data di scadenza.

Sebbene nel finale si affermi che il Dr. Wily non si trovava da nessuna parte dopo la distruzione della sua base, i titoli di coda mostrano Concrete Man che lo insegue.