Mega Man: Maverick Hunter X

A differenza di Mega Man Powered Up, Maverick Hunter X è un reboot della serie X che presenta molte modifiche alla storia che lo scollegano completamente dalla linea temporale originale. L'intenzione di Keiji Inafune era quella di rifare completamente i primi sei giochi della serie Mega Man X, ma il progetto fu interrotto a causa delle scarse vendite di Maverick Hunter X.

Questi sono alcuni esempi di come la continuità con il resto della serie sia stata ignorata:

Il dottor Cain ha scoperto X molti anni fa (anziché mesi) e sta prolungando artificialmente la sua vita tramite un supporto meccanico per supervisionare i Reploid. Teme inoltre che non gli rimanga molto da vivere. Verso la fine de Il giorno di Sigma, un missile distrugge anche la sua casa ad Abel City, con lui al suo interno (anche se non è chiaro se Cain sia effettivamente morto o meno).

La storia di Vile, a parte il flashback della sua liberazione dalla cella da parte di Sigma, è semplicemente considerata uno scenario "what-if", in quanto in conflitto con il gioco di X. Tuttavia, la frase di Sigma di "recuperare Vile" sembra presagire la sua trasformazione in Mega Man X3.

Le ragioni che spingono il Dr. Light a sigillare X sono completamente diverse dalla versione precedentemente stabilita. Nella trama originale, il Dr. Light aveva sigillato X in una capsula speciale che avrebbe fondamentalmente messo alla prova la sua integrità morale, perché sarebbe stato necessario per determinare se X avrebbe preso le decisioni giuste quando sarebbe entrato nel mondo. Tuttavia, in Maverick Hunter X, il Dr. Light è già sicuro dell'integrità morale di X, ma lo sigilla perché ritiene che l'umanità non sia ancora pronta per lui.

La personalità di Sigma è rappresentata in modo molto diverso rispetto agli altri giochi. Qui è ossessionato dall'evoluzione dei Reploid (il che riflette in qualche modo il suo atteggiamento in Mega Man X8) ed è affascinato dal potenziale di X piuttosto che desiderare veramente di superare gli umani. Dichiara addirittura direttamente a Vile che intende andare a Maverick per testare le capacità di X e far emergere il suo vero potere, e incarica Vile di aiutarlo a incitare la ribellione per raggiungere questo obiettivo. In quanto tale, sembra che sia andato a Maverick di sua spontanea volontà, anche se la sua dichiarazione al momento del rilascio di Vile che "aveva bisogno di qualcuno che potesse andare a Maverick di sua spontanea volontà" nell'apertura della Modalità Vile implica che questo potrebbe non essere necessariamente il caso.

In modo analogo, le sue interazioni con X prima della battaglia finale sono leggermente diverse rispetto all'originale, dove si aspettava l'arrivo di Zero ed era leggermente infastidito dal fatto di dover affrontare X al suo posto, prima di rendersi conto, dopo la sconfitta di Velguarder, che Zero potrebbe aver scelto X per combattere Sigma per un motivo, mentre nel remake si mostrava sinceramente in attesa dell'arrivo di X e sperava di avere i requisiti per affrontarlo.