Phantasy Star II

Nelle profondità della Galassia di Andromeda si trova il sistema stellare di Algol. La stella madre, Algol (chiamata "Algo" a questo punto della linea temporale), ha tre pianeti che le orbitano attorno. Il primo è Palm ("Palma"), la sede del governo. Governatori, tesorieri e grandi pensatori abitano qui in grandi torri d'avorio, lontano dal frastuono della vita quotidiana. Poi c'è Mota ("Motavia"), il gioiello splendente. Un tempo arido pianeta desertico infestato da formiche leonine, Mota è stato trasformato in un paradiso tropicale blu e verde. Fattorie a cupola coltivano i campi e l'acqua è regolata in fiumi arginati. La vita su Mota è dolce, pacifica e facile. La gente ha tutto ciò che desidera e non ha bisogno di lavorare. Il più lontano è Dezo ("Dezoris"), il pianeta di ghiaccio. Si sa poco di questo pianeta misterioso e oscuro.

Sono passati mille anni da quando Alis e i suoi amici hanno liberato Algo dal malvagio Lassic. Da allora Algo ha prosperato sotto la cura di un gigantesco computer chiamato Cervello Madre. Il Cervello Madre regola la torre di controllo climatico, il laboratorio di bio-sistemi e tutte le altre cose che forniscono ciò di cui la gente di Mota ha bisogno.

Il gioco inizia con il personaggio Rolf che ricorda uno strano incubo ricorrente. Nel sogno, una giovane ragazza che Rolf non riconosce (ma che assomiglia ad Alis) sta combattendo contro un demone. Alla fine, poco prima che il demone la uccida, Rolf si risveglia. Dalla sua casa di Paseo, la capitale di Mota, Rolf si reca alla torre centrale per incontrare il comandante, il capo del governo di Mota, e ricevere la sua nuova missione.

La prima minaccia è l'aumento di pericolosi biomostri (animali biologicamente modificati). Rolf parte con la sua compagna Nei, un umanoide dalle sembianze di gatto, per indagare, accompagnato da altre sei persone, ognuna diversa, ma con lo stesso scopo. Lungo il cammino, il gruppo scopre un ibrido umano-biomostro di nome Neifirst, che rivela che le origini di Nei sono le sue stesse. Essendo in parte biomostro, è un'emarginata dalla società, il che la porta a detestare l'umanità e, per questo, a sabotare sia il sistema di controllo del clima di Mota che il laboratorio di biosistemi. Nei affronta Neifirst e si scontra con lei in un combattimento uno contro uno, ma viene sconfitta e uccisa. Angosciato, Rolf e il gruppo rimanente sconfiggono Neifirst, ponendo fine al pericolo dei Biomostri di Mota.

Tuttavia, questo mette in moto un altro incidente: l'impatto esplosivo fa sì che il lago centrale, il serbatoio residenziale di Mota, trabocchi d'acqua. Per evitare un'enorme inondazione, Rolf e i suoi amici decidono di aprire le quattro dighe circostanti. Dopo aver sbloccato l'ultima, vengono catturati dai robot di sicurezza di Mother Brain e condannati a morte sul satellite Gaira. Tuttavia, il satellite si guasta e si scontra con Palm, distruggendoli entrambi. Rolf e la compagnia vengono salvati in tempo da un pirata spaziale, Tyler.

Il gruppo si imbarca sull'ultimo aereo di Mota per Dezo. In un angolo remoto del pianeta si trova la villa degli Esper. Una volta giunti lì, Rolf risveglia il leggendario Lutz da un lungo sonno. Lutz rivela i segreti del passato di Rolf e l'oscuro segreto di Madre Cervello, che riguarda il destino e la distruzione di Algo. Per salvare il sistema, gli eroi cercano di recuperare il potente arsenale Nei, che si trova in quattro sotterranei nascosti, in grado di contrastare i nemici sull'astronave Noah, dove risiede Mother Brain.

Alla fine si scopre che dietro ogni minaccia affrontata da Rolf c'è Dark Force, compresa la stessa Mother Brain. Rolf affronta le due entità maligne e le sconfigge. Dopo la battaglia finale, Lutz lo avverte che ci sono ancora persone sulla nave: i superstiti della Terra. Essi rivelano di aver creato Mother Brain per soddisfare il loro avido stile di vita a spese delle risorse di Algo e ne nasce una lotta tra gli eroi e i terrestri. Il gioco si conclude con una nota aperta, con l'esito dello scontro che non viene rivelato.