Ratchet & Clank Future: A Crack in Time

Proseguendo dalla fine di Quest for Booty, Clank è stato rapito dagli Zoni in un luogo chiamato Great Clock per conto del robot Dr. Nefarious, che sta cercando di scoprire da lui il segreto della struttura. Nefarious tenta di accedere ai banchi di memoria di Clank per trovare la chiave della Camera di Orvus, ma non può farlo a causa degli Zoni. Nefarious libera quindi il suo Scrambler a onde cerebrali ipersoniche, provocando la fuga degli Zoni e un blackout. Quando la corrente viene ripristinata, Clank si è svegliato e tenta di fuggire, ma viene catturato da Nefarious e dal suo maggiordomo Lawrence e prontamente immobilizzato.
Al risveglio, Clank si ritrova con un robot di nome Sigmund, custode junior della struttura, e non c'è traccia di Nefarious e delle sue truppe. Attraverso l'uso di stazioni chiamate camere mnemoniche che attingono ai suoi banchi di memoria, Clank apprende che il Grande Orologio è stato costruito dallo scienziato Zoni Orvus come mezzo per curare i danni all'universo causati da un uso eccessivo del viaggio nel tempo. Una parte di Orvus risiede ancora nei banchi di memoria di Clank, messa lì quando Clank è stato costruito dagli Zoni, affinché un giorno Clank possa assumere il ruolo di Custode Anziano, con l'aiuto degli Zoni. Clank viene anche a sapere che suo padre è partito per un avamposto su Zanifar e non è mai tornato all'Orologio.
Nel frattempo, Ratchet e Qwark esplorano il Sistema Breegus alla ricerca di informazioni su Clank e Nefarious. Vengono a conoscenza di un "esule" che sta combattendo contro Nefarious e riconducono l'essere a un altro Lombax, il generale Alister Azimuth. Mentre esplorano il Krell Canyon alla ricerca di un Occhio di Ossidiana per parlare con Clank, Azimuth dice a Ratchet di essere a conoscenza dei suoi genitori e che è stata colpa sua se l'Imperatore Tachyon è riuscito a salire al potere, avendo condiviso con lui il genio tecnico dei Lombax. Quando i Lombax sono partiti per un'altra dimensione, Azimuth è stato costretto a rimanere indietro come punizione per i suoi "crimini". Azimuth parla anche a Ratchet del Grande Orologio, che potrebbe essere utilizzato per riportare i Lombax in questo universo. Dopo aver parlato con Clank attraverso un Occhio di Ossidiana e aver salvato Qwark da un grok da guerra di nome Palla di Neve, Ratchet utilizza un portale temporale su Zanifar per scoprire cosa è successo a Orvus. Nefarious ha catturato gli Zoni per cercare di entrare nella Camera di Orvus, ma ha fallito dopo che Orvus è svanito nel nulla. Ratchet è riuscito a fuggire e a salvare Azimuth dallo scagnozzo di Nefarious, Lord Vorselon. (Ma non prima di aver alterato l'aspetto di Nefarious, facendo apparire al suo passato una cicatrice permanente sull'occhio destro).
Ratchet e Azimuth riescono a liberare Clank da un altro gruppo di scagnozzi di Nefarious, le Valchirie. Clank riesce poi a convincere Ratchet che il piano di Azimuth di usare l'Orologio distruggerebbe inevitabilmente l'universo, spingendo Azimuth ad andarsene tristemente. Ratchet, Clank e Qwark lanciano quindi una missione stealth a bordo della base di Nefarious, ma alla fine vengono catturati. Prima di lanciare Ratchet e Clank su un asteroide nello spazio profondo, Nefarious rivela che intende usare il Grande Orologio per tornare indietro nel tempo e sventare i vari eroi dell'universo e creare un presente in cui i cattivi regnano sempre sovrani. L'asteroide di Ratchet e Clank si schianta su un pianeta vicino (il pianeta Morklon), ma i due sono illesi grazie agli Zoni che li proteggono. Vedono che il mondo su cui sono atterrati è stato distrutto. Un fongiod sopravvissuto di nome Yurik ha rivelato che questo è stato causato dagli Agoriani dieci anni prima e ha raccontato la storia della battaglia di Gimlick Valley. Un giorno gli Agoriani attaccarono improvvisamente il pacifico villaggio e catturarono molti abitanti di Fongiod. Il capo tribù e un esercito di soldati furono messi insieme per combattere, solo che il capo tribù fu ucciso e gli Agoriani distrussero la diga spazzando via il villaggio Fongoid. Utilizzano un portale temporale simile a quello di Zanifar per salvare i Fongoid del passato, dieci anni fa, nella battaglia della valle di Gimlick. Entrano in combattimento con gli Agoriani salvando il bambino Yurik che dice a Ratchet di salvare i prigionieri. Dopo aver liberato i prigionieri con l'aiuto dei Fongoid, affrontano il comandante Argos, un generale agoriano che stava pilotando la sua nave. Il duo distrugge la nave mentre affonda nella diga. I Fongoidi esultano per la vittoria e poi tornano al presente, dove vedono un altro villaggio, più tranquillo, nella valle di Gimlick. La sorpresa dei due è che ci sono delle gigantesche siepi in memoria del duo e che ricorre il decimo anniversario del giorno in cui il duo salvò il villaggio di Fongiod. Il duo incontra un Fongiod a cui chiede in prestito la nave commemorativa che Argos ha usato durante la battaglia e che, a quanto pare, è stata recuperata e riparata da quando è caduta nella diga. Il duo torna da Nefarious per affrontarlo di nuovo prima che possa raggiungere l'Orologio. Riescono a sconfiggerlo a bordo della sua nave, ma Lawrence riesce a fuggire nella capsula di salvataggio mentre la nave devia verso la base di Nefarious. Proprio mentre la nave sta per impattare, Azimuth arriva per salvare Ratchet e Clank. Mentre il duo corre verso la nave di Azimuth, la nave di Nefarious vi si schianta contro e distrugge la base.
Il gruppo torna al Grande Orologio, dove Clank è pronto a riprendere le sue funzioni. Tuttavia, Ratchet e Clank rifiutano ad Azimuth la possibilità di usare la macchina per riportare in vita i Lombax. Azimuth scatta improvvisamente, furioso perché Ratchet non vuole più quello che fa lui. La sua ambizione si trasforma in corruzione e spara con la sua arma contro Ratchet, facendolo cadere dal bordo della piattaforma e uccidendolo. Mentre Clank riesce a dare la caccia al Generale, Sigmund cerca di fermarlo, ma Azimuth lo sopraffà e Clank si chiude nella Camera di Orvus per impedire ad Azimuth di entrare. Ricordando le parole dell'Idraulico, secondo cui non avrebbe rischiato più di 6 minuti, Clank avvia uno spostamento temporale per tornare indietro nel tempo di sei minuti, dove riesce a spingere Ratchet fuori dalla traiettoria dell'esplosione di Azimuth e a modificare gli eventi. Ratchet e Azimuth corrono quindi su una rotaia per entrare nella Camera di Orvus. Il duo arriva troppo tardi e Azimuth attiva l'Orologio per spostarsi all'indietro e cercare di riportare a casa i Lombax. Ratchet combatte contro Azimuth con il destino dell'intero universo in bilico. Mentre lui e Ratchet combattono, l'Orologio inizia a crollare intorno a loro, incapace di sopportare lo sforzo di uno spostamento così massiccio. Mentre Ratchet gli grida di smettere di fare quello che ha fatto, Azimuth si rende conto del suo errore. Dice a Ratchet di "prendersi cura di se stesso" e dà la sua vita per impedire che l'Orologio si autodistrugga, usando la sua chiave inglese per sostituire la leva rotta e girarla. Tuttavia, nel farlo, viene colpito da un'esplosione di energia letale proveniente dall'Orologio rotto e muore.
Dopo che gli Zoni hanno riparato la camera, Ratchet si congeda da Clank augurandogli ogni bene mentre si allontana. Clank, riascoltando le parole registrate di Orvus, si rende conto che non può restare perché non può lasciare Ratchet finché non ritrova la sua famiglia, dato che le azioni di Ratchet hanno contribuito a ritrovare la casa di Clank. Clank promuove Sigmund a Custode anziano e, mentre Orvus dice in sottofondo che suo figlio può fare tutto ciò che lo fa sentire integro, si ricongiunge a Ratchet proprio mentre sta per partire. Insieme, si librano nelle stelle per un'altra avventura.