Teenage Mutant Ninja Turtles Double Pack

TMNT 2003:
Il gameplay principale adatta vagamente i seguenti episodi della prima stagione: "Le cose cambiano", "Una migliore trappola per topi", "L'attacco dei Mouser", "Vi presento Casey Jones", "Nano", "Il buio ai confini della città", "La via dell'invisibilità", "Note dal sottosuolo" (parti 1-3) e "Ritorno a New York" (parti 1-3), oltre a un livello che non deriva affatto dalla serie animata.

Poco dopo che un gruppo di robot mouser ha distrutto la vecchia casa delle tartarughe, queste iniziano a cercarne una nuova. Michelangelo finisce per dare sui nervi a Raffaello e lo fa partire per la superficie. In superficie, viene affrontato dagli sgherri del Drago Viola, da Casey Jones e da Dragonface. Baxter Stockman utilizza dei ninja invisibili per catturare Raffaello e Donatello è costretto a salvarlo. In seguito, mentre Raffaello e Michelangelo si sfidano per gioco, Donatello analizza uno strano cristallo che ha trovato nella loro casa, notando che sembrano cellule cerebrali mutate. Raffaello colpisce Michelangelo con un calcio contro un muro, rivelando un grande tunnel dietro di esso. Il cristallo di Donatello inizia a brillare e le tartarughe decidono di indagare. Seguono il tunnel e si trovano di fronte a degli umani geneticamente mutati. Dopo alcuni scontri con questi mutanti, le tartarughe scoprono che sono stati trasformati nel loro stato attuale da esperimenti passati degli scienziati di Shredder. I cristalli trovati da Donatello sono l'unica cosa che tiene in vita questi mutanti, che di conseguenza non possono lasciare la loro casa sotterranea. Chiedono alle tartarughe di sconfiggere Shredder, in modo che nessun altro essere umano possa soffrire come loro. Le tartarughe decidono di sconfiggere Shredder una volta per tutte e promettono ai mutanti che torneranno a prenderli se troveranno un modo per invertire la loro condizione.

TMNT 2: Battle Nexux:
Il gioco inizia con una battaglia con il Clan del Piede e Hun nel grattacielo di Oroku Saki. Il Piede viene sconfitto e il Maestro Splinter scompare misteriosamente. Le Tartarughe inseguono le tracce fino a un edificio con la scritta "T.C.R.I.", che si rivela nascondere un bizzarro segreto sotto la sua innocua facciata: i suoi dipendenti sono membri di una razza aliena simile al cervello, gli Utrom. Mentre combattono questi nuovi e strani nemici, le Tartarughe vengono accidentalmente teletrasportate in diversi punti della galassia, incontrano il Fugitoide Professor Honeycutt su D'Hoonib e finiscono sotto il fuoco incrociato della guerra tra i Triceraton e la Federazione: entrambe le parti cercano il Fugitoide per la sua tecnologia. Lungo la strada, si imbattono in un cacciatore di taglie intergalattico di nome Slashuur. Si dice che sia il più potente cacciatore di taglie dell'universo e Honeycutt ne ha sentito parlare da bambino. Ironia della sorte, è proprio Honeycutt che cerca Slashuur, essendo stato ingaggiato dai Triceraton per catturarlo. Dopo che le Tartarughe lo hanno sconfitto, Slashuur rivela di conoscere Hamato Yoshi prima di congedarsi. Prima di fuggire dal mondo natale dei Triceraton, le Tartarughe stringono amicizia e liberano un nobile guerriero Triceraton costretto a combattere come gladiatore, Traximus.

Al ritorno sulla Terra e nell'edificio della T.C.R.I., si scopre che gli Utrom hanno salvato un ferito, Splinter, e lo stanno curando. Gli Utrom mettono le TMNT e Splinter in una macchina per la realtà virtuale per spiegare loro meglio le loro origini. Centinaia di anni fa, gli Utrom viaggiavano attraverso la galassia, trasportando una canaglia assassina della loro specie, Ch'rell. La loro nave si schianta sulla Terra, nel Giappone. Ch'rell fugge, mentre gli Utrom sono costretti ad aspettare che la tecnologia terrestre si adegui alla loro per poter tornare a casa. Qualche tempo dopo, dopo che gli Utrom hanno chiesto l'aiuto di alcuni umani come Guardian Ninja, gli Utrom subiscono un'imboscata da parte di un signore della guerra pesantemente corazzato noto come Shredder. Nel frattempo, nel mondo reale, Baxter Stockman sabota la macchina per la realtà virtuale e i pericoli al suo interno diventano reali per le Tartarughe e Splinter. Dopo aver sconfitto Shredder e i suoi Piedi Ninja, le Tartarughe si incontrano con l'Utrom Mortu, che dà loro un dispositivo che permette di tornare nel mondo reale. Purtroppo, al loro arrivo, trovano Shredder e il Piede che attaccano l'edificio della T.C.R.I.. Durante il combattimento, viene piazzato un dispositivo di distruzione organica e gli Utrom fuggono attraverso il loro Transmat. Le Tartarughe sconfiggono Shredder prima che possa inseguirle e si scopre che non solo questo Shredder è lo stesso che hanno visto nel Giappone Feudale, ma è anche il malvagio Utrom Ch'rell! Le Tartarughe fuggono dall'edificio prima che il dispositivo si attivi, ma Ch'rell non è così fortunato.