Touhou Chireiden: Subterranean Animism

Un giorno a Gensokyo, all'improvviso, si sono visti molti spiriti maligni in giro. Reimu Hakurei, una fanciulla del santuario, e Marisa Kirisame, una maga vestita di nero, si insospettirono. Si recano nel sottosuolo per chiedere loro di smettere di guidarli verso la superficie di Gensokyo. A seconda di chi si sceglie, uno di loro esce per indagare.

L'eroina inizia a dirigersi nel sottosuolo, ma si imbatte in uno Tsuchigumo, Yamame Kurodani, che cerca di impedirle di proseguire. Yamame viene rapidamente sconfitto e l'eroina prosegue. Si dirige verso un ponte che conduce alla Città Antica, ma si imbatte nella guardia del ponte della gelosia, Parsee Mizuhashi, che cerca di impedire all'eroina di proseguire. Parsee viene ovviamente sconfitto e l'eroina prosegue verso la Città Antica. La Città Antica è popolata da Oni, quindi incontra Yuugi Hoshiguma. Dopo aver sconfitto Yuugi come midboss, Yuugi inizia a seguire l'eroina mentre spara ai Danmaku. In seguito, i due si scontrano e l'eroina vince. Yuugi dice all'eroina dove si trova il Palazzo degli Spiriti della Terra. L'eroina entra nel Palazzo degli Spiriti della Terra e si vede un gatto che la segue. Più tardi, l'eroina incontra il Maestro del Palazzo degli Spiriti della Terra, Satori Komeiji. Dopo che Satori è stato sconfitto, permette all'eroina di passare per parlare con i suoi animali domestici. L'eroina si reca in un luogo molto più caldo. Si imbatte in un gatto, Rin Kaenbyou. La gatta si trasforma nella sua forma di youkai ed è sorpresa di vedere un'umana arrivare fin qui. Rin cerca di impedire all'eroina di procedere verso quello che descrive come l'uccello più pericoloso del sottosuolo. Tuttavia, Rin viene sconfitta. L'eroina raggiunge infine un luogo ancora più caldo del precedente. Si fa strada, ma incontra di nuovo Rin. Rin afferma che se l'eroina muore, brucerà così tanto da non lasciare nemmeno le ceneri. Rin attacca di nuovo l'eroina, ma viene sconfitto. L'eroina raggiunge infine Utsuho Reiuji, l'uccello più pericoloso del sottosuolo. Utsuho ha mangiato il dio Yatagarasu e ha rivendicato i poteri nucleari. Utsuho afferma che, grazie a questi potenti poteri nucleari, conquisterà il mondo di sopra, cosa che ha fatto preoccupare Rin Kaenbyou che ha inviato spiriti maligni nel mondo di sopra. L'eroina sconfigge Utsuho per impedire che il suo piano conquisti Gensokyo. Dopo la sconfitta, Utsuho afferma che è stata Kanako Yasaka a sussurrarle di ingoiare Yatagarasu.

Qualche tempo dopo, l'eroina decide di visitare il Santuario Moriya per saperne di più. Mentre cerca di trovare Kanako, incontra Sanae Kochiya. Sanae viene sconfitta e l'eroina prosegue fino a quando non trova improvvisamente la sorella minore di Satori Komeiji, Koishi Komeiji. Koishi chiede dove sia la dea del santuario, ma l'eroina dice a Koishi che in realtà stavano facendo lo stesso. Koishi afferma di essere andata dal sottosuolo fino al mondo di sopra per visitare questo santuario. Koishi viene a sapere che l'eroina ha sconfitto sua sorella maggiore, Satori. Koishi chiede di combattere contro l'eroina perché è stata in grado di sconfiggere Utsuho, quindi significa che l'eroina è più forte. Dopo la sconfitta di Koishi, nel racconto di Reimu appare Suwako Moriya, la vera dea del Santuario Moriya. Secondo Suwako, Kanako sta facendo shopping. A quanto pare, Koishi voleva un potere d'amore malinconico per i suoi animali domestici. Per quanto riguarda la storia di Marisa, dopo che Koishi è stato sconfitto, Sanae Kochiya, una fanciulla del Santuario Moriya, dice a Koishi e Marisa che Suwako e Kanako sono attualmente fuori.