Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

La storia si svolge migliaia di anni nel futuro, quando l'umanità ha lasciato da tempo la Terra, che ora si chiama Gerusalemme perduta, e ha fondato un impero stellare. La principale minaccia che l'umanità deve affrontare è la comparsa di una razza aliena superpotente chiamata Gnosis. La storia riprende subito dopo gli eventi conclusivi del primo episodio. Shion Uzuki, il giovane ingegnere che ha progettato il potente androide KOS-MOS, arriva con i suoi amici sul pianeta Second Miltia. Il loro obiettivo è quello di saperne di più sull'eredità del defunto scienziato geniale Joachim Mizrahi e di sventare i piani dei misteriosi antagonisti Albedo e Margulis. Jin Uzuki, il fratello di Shion, menzionato solo nel primo capitolo, diventa un importante personaggio controllabile nel secondo episodio. Gran parte del contenuto della trama è dedicato all'esplorazione del passato e delle origini di Jr. e del suo legame con Albedo.