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O jogo tem lugar em 2037.

A história começa em 6 de Fevereiro de 2036, quando um acidente envolvendo computadores que se descontrolam destrói muitas grandes cidades em todo o mundo. O enorme desastre chama-se "Problema de 2036", mas há uma previsão de que haverá um incidente semelhante em 2038. Assim, um grupo de cientistas utiliza o Supercomputador Gaia para criar um "Simulador da Terra" para evitar que isso aconteça, mas falhar porque o potencial de nascimento humano diminuiu drasticamente.

Os cientistas introduzem então a fórmula "Mensagem de Arecibo" no Simulador da Terra, trazendo com sucesso a humanidade para outro mundo. Estão entusiasmados no início, até perceberem que os próprios seres humanos no Simulador da Terra criaram outro Simulador da Terra. Os cientistas começam a suspeitar que na realidade são apenas o produto de um Simulador da Terra de criaturas cuja posição está acima deles.

A história centra-se em torno de Takaoka Pollon, um hacker que tem a capacidade de "Guardar e Carregar", como num jogo de vídeo. Usando o seu sistema de Hacking Trigger, ele pode intervir com a linha mundial à sua volta.