Assassin's Creed: Bloodlines

Começando pouco depois do fim do primeiro jogo, Altaïr Ibn-La'Ahad toma conhecimento de um plano dos restantes Templários para fugir para Chipre, e assim infiltra-se num dos seus redutos no Acre para os impedir de o fazer. Embora não tenha sucesso a este respeito, derrota e captura Maria Thorpe, que tentou vingar o seu antigo mestre, Robert de Sablé, que morreu às mãos de Altaïr. Conseguindo fretar um navio, Altaïr dirige-se também para Chipre em perseguição da maçã, com Maria a reboque.

Uma vez lá, fica a saber da presença de Armand Bouchart, que sucedeu a Robert de Sablé, como Grande Mestre da Ordem dos Templários. Altaïr também fica a saber, e ganha a assistência, de um movimento de resistência na cidade contra a presença dos Templários, que, após terem comprado a ilha ao Rei Ricardo, formaram um governo repressivo para controlar a terra e o seu povo. Ele também toma conhecimento de um "arquivo" templário, um tesouro de conhecimentos e artefactos templários, escondido algures na ilha. Fiel ao caminho dos Assassinos, Altaïr faz localizar o arquivo e libertar Chipre das garras de Bouchart, primeiro matando os seus subalternos: Frederick "o Vermelho"; Moloch "o Touro"; Shalim e Shahar "os Gémeos", e o Oráculo Negro "a Bruxa", acabando por confrontar e derrotar Bouchart no arquivo, cujo conteúdo foi evacuado e relocalizado pelos soldados Templários. Após a morte de Bouchart, o arquivo começa a ruir, mas Altaïr consegue escapar.

O jogo também detalha a relação entre Altaïr e Maria. No início, Maria é hostil e sarcástica para com Altaïr (nas suas próprias palavras, "o homem que poupou o meu pescoço mas arruinou a minha vida"), mas à medida que a história se desenvolve, ela aquece gradualmente o assassino que, apesar das suas repetidas tentativas de fuga, a salva repetidamente do mal e não a castiga. Eventualmente, ela decide ajudar Altaïr, matando uma toupeira templária na resistência quando ele tenta matar Altaïr e confrontando Bouchart ao seu lado na batalha final, tendo-se apaixonado pelo assassino. Após a sua fuga do arquivo dos Templários, os dois decidem dirigir-se para leste em direcção à Índia.