Bionic Commando Rearmed

Bionic Commando Rearmed toma emprestado o seu enredo em grande parte da versão do Nintendo Entertainment System do jogo. De acordo com o lançamento norte-americano dessa versão, as referências ao partido nazi encontradas no título original japonês não são apresentadas no Rearmed. No entanto, como no original, o chefe final do jogo ainda se assemelha claramente a Adolf Hitler, e é referido como "O Líder".

Centros rearmados em torno de duas facções em conflito: a Federação e o Império. Começa com as forças Imperiais descobrindo documentos classificados relativos ao desenvolvimento de uma arma secreta conhecida como o projecto Albatros, originalmente iniciado por uma organização conhecida como os Badds, mas nunca concluído. Killt, Generalissimo das forças do Império, decide completar ele próprio o projecto. Quando a Federação toma conhecimento da trama do Império, envia o seu herói nacional, Super Joe, para se infiltrar no Império. Durante a sua missão, Joe é capturado pelas forças Imperiais. A Federação envia um segundo agente chamado Nathan Spencer para resgatar o Super Joe e ajudá-lo a completar a sua missão.

Spencer percorre várias áreas, eliminando muitos líderes Imperiais ao longo do seu caminho. À medida que avança, ele encontra nova tecnologia e viaja mais fundo atrás das linhas inimigas. O enredo culmina quando o Super Joe é resgatado do soldado imperial biónico Gottfried Groeder, e tanto Spencer como Joe se propuseram a destruir o projecto Albatros. Durante a missão, Spencer encontra "The Leader", o chefe ressuscitado das forças Imperiais. Spencer derrota "The Leader", e juntamente com o Super Joe destrói os Albatros. O jogo termina com os dois heróis pendurados num helicóptero, voando à medida que os Albatros explodem.