Cave Story

O personagem jogador desperta numa caverna sem memória de como lá chegou. Ele encontra uma aldeia de Mimigas, que estão a ser perseguidos pelo Doutor. Os servos do Doutor Miséria e Balrog procuram Sue Sakamoto, uma rapariga que tinha sido transformada em Mimiga. Não a encontrando, raptam por engano outro Mimiga chamado Toroko. O jogador encontra Sue no Corredor de Ovos, onde ela descobre os ovos de um Dragão do Céu, o que poderia permitir-lhe escapar à ilha flutuante se eclodisse. Sue tenta resgatar o seu irmão Kazuma, mas o rei, o líder da aldeia Mimiga, captura-a e considera-a responsável pelo rapto de Toroko. Sue encarrega o jogador de resgatar Kazuma de Grasstown. Depois de o libertarem, encontram o Professor Booster, que revela que o Doutor planeia usar as flores vermelhas em Mimigas para criar um exército para tomar conta do mundo da superfície. Booster envia o jogador para a Zona de Areia para destruir as flores vermelhas antes que o Doutor as possa encontrar. Enquanto lá, o jogador encontra Curly Brace, uma robô fêmea que também não tem memórias do seu passado, e Jenka, uma velha bruxa que é mãe da Miséria e guardiã das flores vermelhas. Jenka chama à personagem do jogador um "soldado da superfície", um dos muitos que foram enviados para a ilha para abater os Mimigas.

A miséria transporta o jogador para o Labirinto no interior da ilha como castigo por interferir com os planos do Doutor. O Curly Brace também foi atirado ao Labirinto e eles cooperam para escapar. Balrog ajuda-os a mover a rocha que bloqueia a saída, revelando a sua natureza amável. O casal encontra e derrota o Núcleo, uma criatura mágica cujo poder mantém a ilha a flutuar. No entanto, o Doutor intervém para a salvar antes que a ilha desmorone. Dependendo de certas condições, o jogador pode salvar Curly Brace, que tinha sacrificado o seu tanque de ar para salvar a personagem do jogador. Quando regressa à Vila Mimiga, descobre que o Doutor capturou os Mimigas. No Corredor de Ovos, Kazuma oferece ao jogador a opção de escapar à ilha com ele usando um Dragão do Céu, levando a um final alternativo no qual o Doutor conquista o mundo da superfície enquanto Kazuma e o jogador se escondem nas montanhas. Em vez disso, o jogador pode optar por confrontar o Doutor e destruir o Núcleo da ilha, o que faria com que os Mimigas voltassem ao normal. O jogador balança a parede exterior da ilha para chegar à Plantação onde o Doutor está a usar os Mimigas como trabalhadores escravos para cultivar flores vermelhas. Os criados do Doutor capturam-no e colocam-no numa cela de prisão com Sue. Ela é levada antes do jogador acordar, mas a sua carta revela que o Doutor era um membro da expedição de investigação que incluía a família de Sue e o Professor Booster, mas ele traiu-os assim que encontrou a Coroa Demoníaca. Sue instrui o jogador a encontrar a sua mãe, que pode ter um plano para deter o Doutor.

Se o jogador salvou o Curly Brace mais cedo, o jogador pode encontrar um item para restaurar as suas memórias. Ela lembra-se que o nome da personagem do jogador é Citação, e que eles não foram os robôs assassinos que massacraram Mimigas no passado. Em vez disso, foram enviados para destruir a Coroa Demoníaca para evitar que o seu poder caísse nas mãos erradas. Citação encontra a mãe de Sue, Momorin, que está a construir um foguetão que permitirá o acesso ao topo da ilha onde reside o Doutor. Depois de a ajudar a completar o foguete, Citação confronta a Miséria e o Doutor. O Doutor purificou a essência das flores vermelhas num cristal, o que lhe permite sobreviver mesmo depois de Quote destruir o seu corpo. O espírito do Doutor possui o núcleo da ilha, mas Citação consegue destruí-lo também, fazendo com que a ilha comece a cair na Terra. Sob certas condições, o jogador pode prosseguir para uma fase de bónus chamada Santuário Manchado de Sangue, onde o criador da Coroa Demoníaca, Ballos, é aprisionado. Ballos, irmão de Jenka, era um poderoso feiticeiro que enlouqueceu depois de ter sido torturado. A miséria forçou Ballos a criar a Coroa Demoníaca, mas ela e Balrog tornaram-se amaldiçoados a servir quem quer que a possuísse. Com a ajuda de Curly Brace, Quote derrota Ballos e pára a fonte da energia negativa que estava a causar a queda da ilha, salvando os seus habitantes. Balrog salva os dois antes de serem esmagados pelo colapso da prisão de Ballos - ele tinha sido enviado pela Miséria como agradecimento por quebrar a sua maldição. Citação, Curly Brace, e Balrog deixam a ilha para viverem os seus dias em paz.