Fullmetal Alchemist: Stray Rondo

O jogo começa com os dois rapazes [ Edward e Alphonse Elric] realizando uma Transmutação Humana para reanimar a sua falecida mãe, o que resulta num fracasso e salta à frente para a sua missão envolvendo o falso profeta Cornello para encontrar a lendária Pedra Filosofal para emendar pelas coisas que perderam na falhada Transmutação Humana [o corpo de Alphonse e os membros de Edward]. Procedem provando que ele é um vigarista mas acham que a Pedra Filosofal é falsa. Os irmãos voltam à Central para o denunciar quando o comboio é sequestrado pelo grupo dos carecas que ameaça com um refém. Os irmãos Elric resgatam o refém que se revela como Corniche Royce e descobrem que o chefe era apenas uma imitação de Careca. Os Elrics aprendem que a rapariga possui a capacidade de usar alquimia curativa e dirige-se para o Exame Central de Alquimia do Estado. Corniche decide acompanhar Elrics como nunca tinha viajado antes. O comboio é atacado por uma Quimeriana e pára numa cidade chamada Viva. O trio resgata a cidade, que está repleta de Quimeras, mas não consegue encontrar o culpado. Continuam a sua viagem em direcção à Central.

Depois de chegar ao centro de Corniche, vai para os Military Headquaters para o seu exame, mas percebe que se esqueceu do seu ensaio. Enquanto ela insiste na sua participação, o Rei Bradley aparece e estabelece uma condição para a sua certificação - para vencer o Major Alex Louis Armstrong. Corniche falha e Edward é convocado pelo Rei Bradley para a missão de extermínio da Quimera em East City. Edward recebe também autorização para formar um "Esquadrão Especial". Após muita insistência de Al e Hughes, Edward concorda em recrutar o Major Armstrong e o Coronel Roy Mustang para o esquadrão especial, embora despreze a ideia de trabalhar com os dois. O partido leva o Major Armstrong da Central e dirige-se para a Cidade Oriental onde o Coronel é designado e a missão a ser executada, mas no seu caminho o comboio volta a ser pirateado pelo verdadeiro grupo dos carecas que ameaçam com a vida de todos os passageiros. O partido derrota os culpados e chega à Cidade Oriental e viaja directamente em direcção ao gabinete dos Coronéis.

O Coronel Mustang recusa-se a aderir e parte para um levantamento que torna Edward mais determinado a recrutá-lo. O partido persegue o Mustang e desafia-o com uma luta para decidir o seu alistamento. Após ser derrotado, o Coronel é forçado a alistar-se e o Tenente Riza Hawkeye é voluntário para ajudar à segurança do Coronel. O Tenente Coronel Alquimista de Estado Aston Martins, também conhecido como O Alquimista dos Trovões, é alistado por insistência de Mustang. Mustang deixa a sua papelada sobre o caso da Quimera de East City para Havoc e dirige-se para Redendo juntamente com o resto do partido.

A festa resolve o caso do roubo em Redendo mas vem de mãos vazias com a sua verdadeira missão. De volta ao East Military Headquaters Party toma conhecimento de um caso de duas pessoas descrito como um curto-circuito e um de armadura, causando distúrbios numa cidade chamada Solin. Na esperança de que isso levasse a algum tipo de pista para o caso Quimera e de que o partido da identidade dos perpetuadores duvidosos viajasse até Solin. Lá o partido fica a saber que as pessoas que causam problemas se parecem de facto com os irmãos Elric e que também se auto-intitulam Elrics. Infundidos com o seu nome sendo novamente desonrado por impostores, os Elrics decidem apanhar os charlatães. Uma vez capturados e derrotados os impostores, o partido fica a saber que são meros manequins criados alquimistas novamente e o alquimista não é mais do que uma jovem de 16 anos que revela o seu nome como Cate Rham. Cate faz um breve encontro com o partido e depois foge dizendo que um dia voltarão a fazê-lo. Com as falsificações reveladas e ainda sem pistas sobre o caso da Quimera, a festa regressa novamente à Sede Oriental.

Uma vez de volta à sede do Leste, o partido toma conhecimento de um alcehmista excêntrico que vive numa mansão e que se presume possuir competências em alquimia corporal. Desconfiado, o partido dirige-se para a mansão do eremita e descobre que o estranho homem está de facto envolvido no caso da Quimera, mas antes de o poderem prender, são atacados por uma Quimera e o suspeito foge. O Coronel contacta a sede e fica a saber que o homem se chama Dalt Daimler e dirige-se para a cidade natal de Edward e Alphonse, Resembool .

O partido não encontra Dalt em Resembool, mas Ed recebe a sua manutenção. O partido dirige-se para as ruínas perto de Resembool onde Dalt é provável que esteja. Enquanto persegue Dalt, o partido encontra-se com dois dos Homúnculos: Luxúria e Gula, que eles derrotam. Após derrotar o Homunculi, Edward menciona a sua suspeita a Alphonse sobre a presença da Pedra Filosofal em ruínas, uma vez que os homúnculos estavam por perto. No entanto, os irmãos concordam em manter esta teoria em segredo. O partido encontra o cadáver de Dalt que falta um saco que Dalt transportava. A festa prossegue para descobrir o assassino que se revela ser Randy, o ladrão de Redondo. O partido derrota Randy e começa a interrogá-lo sobre a situação envolvente antes de Cate intervir juntamente com um alquimista mascarado chamado Lincor, que o Coronel Martin parece conhecer, uma vez que o Licor tira a mala de Dalt ao Randy e usa um tremendo poder para desencadear um poderoso ataque ao partido e ganhar tempo suficiente para escapar com o seu grupo. Ed afirma que o Licor estava a usar uma pedra filosofal no saco de Dalt para exercer tal poder.

Entretanto, Mustang e Martin discutem o quão estranhamente a presença de Linor se assemelha à do Coronel Alquimista de Estado Seraphy Royce. Mustang conta a Ed a história de Seraphy Royce, que era um Alquimista de Estado curativo [O Alquimista Afinado] cuja qualificação estava prestes a ser-lhe retirada antes de ser dado como morto na Guerra de Ishval. O trio suspeita se foi ele o responsável pelo recente surto da Quimera e se Corniche Royce é realmente a irmã de Lincor.

O partido recebe informações sobre o esconderijo de Licors em East City Sewers e vai para lá. Embora não consiga encontrar a Lincor, a festa encontra novamente os associados da Lincor Cate e Randy e um homem com uma cicatriz na testa que afirma vagamente passar o julgamento do deus . O Coronel Martin está relutante em lutar contra o seu 'velho amigo', pelo que sugere ao partido que se retire, pois é pouco provável que encontrem a Lincor.

Como a festa está a dirigir-se para a sede, quando souber do ataque de Quimeras à sede de Hughes. O partido extermina os Quimerianos da base principalmente para o livro de endereços seguro do Mustang no seu escritório. Enquanto ainda no escritório de Mustang, o partido discute ainda o caso da Lincor, onde Corniche fica a saber da sua possível libertação para a Lincor. Ed encoraja-a a acreditar no seu irmão, o que Corniche aceita fazer. Depois de a festa resgatar a sede, Mustang é apanhada em papelada de restauração com Riza ao seu lado. Outros membros milirantes também ficam noivos, deixando Ed, Al, Corniche e o Coronel Martin (como seu guarda-costas) para terem uma pausa. O grupo decide passar a noite na estalagem. Nessa noite, Martin pergunta a Edward a sua razão para ser o Cão dos Militares. Edward explica sobre a sua transmutação humana falhada e a sua determinação em restaurar o corpo do seu irmão mais novo. Corniche diz aos irmãos que acredita que eles irão prosseguir na consecução dos seus objectivos e depois o grupo tem um jantar.

No dia seguinte, o grupo decide voltar para a sede, pois poderá haver novas informações sobre o caso da Lincor. O grupo inteiro reúne-se novamente e dirige-se para um castelo no sudeste, onde foram relatados os avistamentos da Lincor. A festa encontra novamente Lust, Randy,e Cate, todos os quais voltam a derrotar separadamente. A caminho do encontro com Lincor Mustang menciona a sua suspeita sobre Martin, que recusa abertamente a acusação. A festa finalmente apanha a Lincor. Ed Provkes Lincor revela a Pedra Filosofal no saco, mas Lincor abre o saco e em vez disso solta uma Quimera gigantesca. A Quimera continua a regenerar-se. Sem outra opção à vista, Martin sacrifica a sua própria vida para defender a sua festa.

Com um caro amigo sacrificado, Ed fica agitado e questiona os motivos de Lincors para ferir o seu próprio amigo e irmã, aos quais Lincor responde dizendo que algo valioso é um preço necessário para proteger algo e Martin foi tolo em não compreender isso. Ed ataca Lincor que deixa cair um medalhão que segura a sua foto e a de Corniche. Corniche questiona Lincor se ele é realmente o seu irmão, que guardaria as palavras "Alquimista, Sê tu para o Povo", querido, mas Linor recusa-se sem rodeios a ter qualquer recordação dela e ataca violentamente o partido. O partido derrota Lincor, mas ele recusa-se a desistir. Ed resume todos os acontecimentos e conclui que o poder que Lincor possui não é utilizando a Pedra Filosofal, mas sim trocando as suas preciosas memórias com a sua irmã.

Licor faz uma última tentativa para aniquilar o partido, fundindo-se com todo o castelo. Corniche lembrando as palavras de Martins para se manter forte para ser Alquimista de Estado cura todo o partido que volta a sair vitorioso. Lincor relembra as suas memórias restantes da sua mãe e sente que trocou tudo pelo bem-estar das pessoas morre confortavelmente. O partido volta mais uma vez à sede.
De volta à sede, o partido recupera da morte do seu antigo amigo e Corniche é finalmente autorizado a retomar o Exame de Alquimia de Estado. Corniche passa o exame e ganha o título de "O Alquimista de Afinação" do seu irmão. Aceita-o de bom grado e decide que recompensaria os erros do seu irmão. A história chega ao fim com Corniche a separar-se dos irmãos Elric para a sua cidade natal e todos os outros a assentarem as suas vidas normais.