Half-Life 2

Gordon Freeman é retirado da Stasis pelo G-Man, que o insere num comboio que chega à Cidade 17. Após chegar à estação e fugir às forças Combine, Gordon junta-se aos membros da resistência Lambda, incluindo Barney Calhoun, um antigo guarda de segurança Black Mesa que trabalha agora disfarçado de oficial Combine CP, e Alyx Vance, a filha de um dos antigos colegas de Gordon, o Dr. Eli Vance. Após uma tentativa falhada de teletransportar Gordon para Black Mesa East do laboratório improvisado do Dr. Kleiner, Gordon, reequipado com o fato HEV e um pé-de-cabra, é forçado a embarcar a pé através do antigo sistema de canais da cidade. Depois de obter um barco aéreo, ele combate o seu caminho para Black Mesa East, a vários quilómetros da cidade.
Gordon é reintroduzido a Eli e conhece a Dra. Judith Mossman. Alyx apresenta Gordon ao seu grande robô de estimação D0g e dá-lhe uma "Gravity Gun", uma arma que permite a Gordon pegar e mover qualquer objecto grande com facilidade. Black Mesa East em breve é atacado por Combine e Eli e Mossman são capturados para serem levados para uma prisão Combine, Nova Prospekt. Gordon e Alyx são forçados a tomar caminhos separados para Nova Prospekt; Gordon faz um desvio através da cidade de Ravenholm, recebendo ajuda do seu último sobrevivente, Padre Grigori. Depois de ter atravessado a cidade e uma mina, Gordon dirige-se para um posto avançado da Resistência. Gordon recebe um Dune Buggy, que utiliza para viajar ao longo de uma estrada costeira desmoronada até Nova Prospekt. Ao longo do caminho, Gordon encontra frequentemente patrulhas Combine, e ajuda um dos líderes da resistência, o Coronel Odessa Cubbage, a defender uma base da Resistência de uma Combine gunship.
Depois de atravessar uma praia infestada de formigas, Gordon entra em Nova Prospekt, onde se reencontra com Alyx. Eles conseguem localizar Eli, mas também descobrem que Mossman é um informador Combine. Antes de a poderem deter, ela teletransporta-se e Eli de volta para a Cidadela da Cidade 17. O teletransportador Combine explode quando Gordon e Alyx o utilizam para escapar a Nova Prospekt.
Ao chegar ao laboratório de Kleiner, um Dr. Kleiner abalado revela a Gordon e à Alyx que foram apanhados num "teleporto lento", durante o qual tinha passado uma semana. Na sua ausência, a Resistência, que soube do que tinha acontecido em Nova Prospekt, mobilizou-se contra a Combine, transformando a Cidade 17 num campo de batalha. Durante o combate, Alyx é capturado pela Combine e levado para a Cidadela, e Gordon luta pela cidade com a ajuda de D0g e Barney para a alcançar. Dentro da Cidadela, é apanhado numa câmara de confiscação Combine que destrói todas as suas armas, excepto a arma Gravity Gun, a energia que aumenta as suas capacidades e permite a Gordon escapar e enviar pelotões de soldados Combine.
Eventualmente, Gordon é capturado a cavalgar numa cápsula de transporte Combine e é levado para o gabinete do Dr. Breen, onde ele e o Dr. Mossman esperam com Eli e Alyx em cativeiro. O Dr. Breen começa a explicar os seus planos para uma maior conquista dos humanos pela Combine, ao contrário do que ele tinha dito ao Dr. Mossman. Indignado, Mossman liberta Gordon, Alyx e Eli antes que Breen os teleporte para fora do mundo. O Dr. Breen tenta escapar através de um portal, mas Gordon persegue-o e destrói o reactor do portal com a Super-Carga Gravity Gun. Breen parece ter sido aniquilado na explosão resultante. Pouco antes de Gordon e Alyx serem presumivelmente encontrados com um destino semelhante, o tempo é congelado. O G-Man reaparece, elogiando Gordon pelas suas acções na Cidade 17 e na Cidadela. Fazendo uma menção vaga de "ofertas para serviços [de Gordon]", o G-Man coloca-o de volta em êxtase.