Mega Man 9

É o ano 20XX. Desde a última derrota do Dr. Wily, o Bombista Azul tem visto a paz regressar.

Logo quando as pessoas esqueceram tudo sobre o Dr. Wily, os robôs de todo o mundo começaram a enlouquecer. Logo se tornou evidente que estes robôs eram os criados pelo Dr. Light. À medida que as chamadas telefónicas chegavam ao laboratório do Light, o Dr. Wily interrompeu todos os programas de televisão para anunciar que estes motins robóticos não eram obra sua. Ele continuou então a mostrar provas em vídeo que provaram o envolvimento do Dr. Light nos recentes surtos violentos. Para piorar a situação, Wily deu o número de conta à sua conta bancária pessoal e anunciou que iria aceitar doações para construir o seu próprio exército robótico para contrariar o de Light. O Mega Homem voluntariou-se rapidamente para limpar o nome da Light e foi enviado para investigar a origem do problema.

Em pouco tempo, a polícia veio aos Light Labs para prender o bom doutor, mas o Light foi em silêncio para provar a sua inocência. Entretanto, Mega Homem foi atrás dos Mestres Robôs e, depois de ter derrotado alguns deles, descobriu que estavam programados para serem desmantelados e enviados para o ferro-velho porque tinham chegado à data de expiração que lhes fora atribuída pelo governo. Uma vez que o último Mestre Robô tinha sido abatido, o Mega Homem trouxe de volta uma das unidades de memória interna do robô para a Auto para investigação. Como se verificou, o Dr. Wily tinha reprogramado os robôs, que estavam programados para demolição, para se levantarem contra os seus mestres humanos em vez de serem destruídos. Tudo o que os robôs queriam fazer era ter um propósito, e certamente não queriam ser enviados para o monte de sucata.

Depois de terem visto o vídeo, o Dr. Wily irrompeu pelo seu laboratório e roubou o circuito de memória, retirando-se depois para o seu recém-construído Castelo Wily. Mega Homem fez o seu caminho através da fortaleza, lutando contra poderosos robôs construídos com o dinheiro que Wily recebeu de donativos dos que se preocupavam com as revoltas dos robôs. No final, Mega Homem derrotou Wily mais uma vez, e mostrou-lhe imagens de cada uma das derrotas que tinha cometido com Wily. Embora Wily parecesse contrito e apologético, ele enganou o Mega Homem para pensar que o Dr. Light estava, de facto, preso numa cela na sala ao lado. Embora o Proto Man o tenha avisado que era uma armadilha, Mega Man foi investigar a cela e foi electrocutado pelo engodo do Dr. Light que estava na cela em vez disso. Como o laboratório de Wily se autodestruiu, o Proto Man voltou e teleportou o Mega Man para fora do laboratório mesmo a tempo.

No final, a Luz foi libertada da prisão. Encontrou então propósitos úteis para todos os Mestres Robôs que tinha concebido, os quais tinham atingido as suas datas de expiração.

Embora o final afirme que o Dr. Wily não se encontrava em lado nenhum após a destruição da sua base, os créditos mostram o Homem Concreto a persegui-lo.