Mega Man Zero 2

Passou um ano desde que Zero derrotou a cópia X. Desde então, passou o seu tempo a vaguear pelo deserto derrotando onda após onda de Panteões. À medida que o jogo se abre, o Zero faz o seu caminho através de uma tempestade de areia envolta num manto esfarrapado. À medida que as areias morrem, ele percebe que está de novo a ser perseguido por inimigos. Apesar de estar em desespero, com armadura rachada e armas partidas (sendo inúteis a sua vara e escudo), o seu manto é atirado aos ventos e a sua pistola Buster Shot é sacada em defesa.

Por outro lado, os três membros sobreviventes dos Quatro Guardiães (Fantasma auto-destruído a tentar impedir o ataque de Zero à Área X no jogo anterior) assumiram o comando da Neo Arcadia, tendo Harpuia como líder. A morte de X foi encoberta, uma vez que os humanos o reverenciaram como seu salvador. Harpuia abandona Neo Arcadia e depara-se com Zero após a sua batalha no deserto. Harpuia trá-lo para a nova Base da Resistência, onde o Zero é reparado e reunido com Ciel e o resto da Resistência, e também conhece o seu novo comandante, Elpizo. Sozinho no seu gabinete, Ciel conta a Zero as mudanças ocorridas no ano em que desapareceu, bem como recorda-lhe o seu objectivo final de criar um novo sistema energético. Ela mostra-lhe um Duende Bebé, que é a base da sua investigação actual.