Metroid Fusion

O jogo começa com Samus Aran actuando como guarda-costas da equipa de investigação da Biologic no planeta SR388. Eventualmente, um Hornoad confronta-os e é morto por Samus. Contudo, um organismo amarelo globular (um X) emerge do Hornoad à medida que é destruído e entra no corpo de Samus.
Não sentindo quaisquer efeitos iniciais, Samus continua a escoltar os investigadores e completa a missão. No caminho de regresso ao laboratório, no entanto, Samus perde a consciência, e a sua espingarda choca com um cinturão de asteróides. Os sistemas de emergência da nave ejectaram automaticamente a cápsula de fuga de Samus, salvando-a da queda, mas a sua nave de artilharia está completamente destruída. Samus é rapidamente atendida por uma tripulação médica, que descobre que a criatura que entrou no seu corpo na SR388 era na realidade um organismo parasita a que logo deram o nome de X.

Samus Infectado 2
Samus, infectado pelos X Parasitas.
Os componentes orgânicos do Power Suit de Samus tinham-se tornado tão integrados com o seu sistema que não podiam ser removidos enquanto ela estava inconsciente. Grandes porções do seu fato infectado tiveram de ser removidas cirurgicamente, alterando dramaticamente a sua aparência. No entanto, o X no sistema nervoso central de Samus estava demasiado incorporado para ser removido com segurança; as hipóteses de sobrevivência de Samus eram inferiores a um por cento.
Os metróides são o único predador conhecido do X; contudo, uma vez que Samus destruiu todos os metróides do SR388 numa missão anterior, o X foi capaz de se multiplicar sem controlo. Vendo isto como a chave para a curar, os médicos propuseram a utilização de uma célula Metroid do bebé Metroid morto de Samus para fazer uma vacina anti-X. Aparentemente, a Federação tinha conseguido preservar uma cultura celular do Bebé que salvou Samus enquanto ela estava em Zebes uma segunda vez. O soro foi preparado e injectado sem demora, erradicando completamente o X. Havia, contudo, dois efeitos secundários: Samus já não podia ser ferida pelo X normal e podia mesmo absorvê-los para repor a saúde e as munições, mas também herdou a vulnerabilidade dos Metroids ao frio.

Após a recuperação, Samus é enviada para investigar uma explosão na estação de investigação dos Laboratórios do Espaço Biológico, onde os espécimes da SR388 e as peças infectadas do seu Fato de Poder estão a ser mantidos. Quando chega à estação, Samus dirige-se imediatamente para a Baía de Quarentena, onde encontra e mata um Hornoad que foi infectado por um parasita X. Samus fala com o computador da sua nova nave de tiro (a quem deu o nome de "Adam", uma vez que lhe lembra um antigo CO) e fica a saber que os espécimes trazidos pela equipa de campo foram infectados pelo X. O computador também revela que o X pode usar o ADN da sua presa para criar uma cópia perfeita, o que significa que qualquer vida orgânica na estação também pode ser infectada.

SA-X 1
A SA-X.
Ao continuar a explorar a estação, Samus descobre que os X utilizaram as porções infectadas do seu fato eléctrico para criar uma cópia da própria Samus, apelidada de SA-X (ou Samus Aran-X). Desde que a SA-X surgiu do fato de Samus, totalmente melhorado, tem todas as suas capacidades, como o demonstra a utilização de uma bomba eléctrica para escapar à Baía de Quarentena. Ao explodir a bomba, a SA-X também destruiu as cápsulas que continham os espécimes X, libertando-os a todos para a estação. Bem dentro da sua investigação da estação, Samus tropeça no Laboratório Restrito da instalação. Aqui, ela encontra dezenas de Metroids infantis e vários outros Metroids em várias fases de maturidade, todos em estase; estes foram os resultados de um projecto de clonagem do qual Samus não tinha conhecimento prévio. Pouco depois de Samus os descobrir, a SA-X tenta destruir os seus predadores, mas os seus planos de contra-ataque: os Metroids libertam-se e as salvaguardas de emergência são activadas como resultado. Samus mal escapa antes de o laboratório fechar completamente e é expulso da estação, explodindo sobre a SR388.
Após o incidente no Laboratório Restrito, Samus fala com o computador do seu navio, que está zangado com a descoberta e subsequente destruição das Metroids. O computador explica que a Federação tinha estado a trabalhar secretamente num programa de criação de Metroids, para "aplicações pacíficas". O computador revela que o ambiente SRX da estação, uma réplica do ecossistema SR388, era ideal para a criação de Alfa, Gamma, Zeta, e até Omega Metroids. A investigação revelou técnicas de crescimento rápido, permitindo que uma criança crescesse até se tornar um Omega Metroid em poucos dias. Infelizmente, a SA-X tinha vindo a localizar Samus e seguiu-a até à localização do laboratório. Para surpresa de Samus, o computador também menciona que a SA-X tem vindo a reproduzir-se assexuadamente e não há menos de 10 a bordo da estação.

Mais tarde, o computador diz a Samus que já causou danos suficientes e dá-lhe instruções para deixar o resto da investigação para a Federação. Aparentemente, a Federação interessou-se pelo X e pelo SA-X e acredita que esta forma de vida tem aplicações infinitas. Samus, tendo visto as capacidades destrutivas da SA-X em primeira mão, é fortemente contra isto. Ela está convencida de que o X irá sobrecarregar as tropas da Federação assim que aterrarem, absorvendo os seus poderes e conhecimentos no processo. Se isto acontecer, poderão facilmente espalhar-se pela galáxia e "a civilização galáctica acabará".

Como alternativa, Samus decide activar o mecanismo de autodestruição da estação a fim de destruir o X, arriscando a sua própria vida no processo. No entanto, o computador da sua nave trancou Samus numa Sala de Navegação, uma vez que a Federação ordenou que a mantivesse confinada até à sua chegada. Desesperada, Samus grita para o computador: "Não os deixe fazer isto. Não consegues ver o que vai acontecer, Adam?" Enigmaado com a utilização do nome, o computador pergunta quem era este Adão. Samus revela que ele tinha sido o seu anterior comandante e que tinha morrido a salvar-lhe a vida. Aparentemente comovido pela revelação de Samus, o computador concorda com o plano, e sugere que se Samus alterasse a órbita da estação, então ela poderia ser capaz de incluir o planeta na explosão, assegurando assim a destruição do X no planeta SR388, bem como dos que se encontram na estação. Neste momento, Samus apercebe-se de que o computador da sua nave é realmente Adam Malkovich, cuja personalidade tinha sido carregada para um computador antes da sua morte.

Samus apressa-se para a Sala de Operações, onde é confrontada por uma SA-X. Ela consegue derrotá-la, mas o seu Core-X escapa antes de a poder absorver. Ignorando a sua fuga, Samus inicia a sequência de autodestruição e volta depressa para a sua nave. No entanto, encontra a doca de atracagem em ruínas e a sua nave desaparece. Antes de poder reagir à situação, aparece um Omega Metroid, aparentemente tendo escapado do Laboratório Restrito antes da sua destruição e crescido até à sua dimensão máxima em tempo recorde. Samus não possui nenhuma arma capaz de danificar a Metroid, e um único golpe da sua garra reduz as suas reservas de energia a uma unidade. Enquanto a Omega Metroid se prepara para acabar com ela, a SA-X regressa, e ataca a Metroid com o seu Raio de Gelo, ferindo-a. No entanto, foi muito enfraquecida pela sua luta com Samus e é rapidamente derrotada pela Metroid. Desta vez, o Core-X paira sobre Samus, permitindo-lhe absorvê-lo e obter o "Unnamed Suit", bem como o Ice Beam e restaurar a sua condição genética ao seu estado pré-vacinal. Usando as suas capacidades recuperadas, Samus luta e mata o Omega Metroid após uma luta feroz. Após a batalha, a nave de Samus volta a entrar na baía, tendo sido pilotada pelo computador, Adam, e os mesmos Etecoons e Dachoras que ela salvou na missão anterior a Zebes e mais tarde no Convés Habitacional.

À medida que Samus abandona a estação, é mostrada a colisão com a SR388, destruindo tanto a estação como o planeta, livrando para sempre o universo do X.

Reflectindo sobre as suas acções, Samus duvida que as pessoas compreendam porque é que ela destruiu o X, nem se aperceberão do perigo que mal foi evitado. Samus acredita que será considerada responsável por desafiar a Federação, mas Adam conforta-a, dizendo-lhe: "Não se preocupe. Um deles irá compreender. Um deles tem de compreender". Uma reflexão final, Samus prossegue, dizendo: "estamos todos ligados pelas nossas experiências. Eles são os limites da nossa consciência. Mas, no final, a alma humana acabará por alcançar a verdade. Isto foi o que Adão me ensinou".