Mystical Ninja Starring Goemon

A história segue as lutas de Goemon para impedir que o bando de Shoguns da Montanha do Pêssego transforme o Japão num teatro de belas artes ocidentalizado. O enredo exige três características musicais cinematográficas e batalhas entre robôs gigantes; tal como outros jogos de Ganbare Goemon, é apimentado com humor surrealista e anacronismos.

O protagonista de Mystical Ninja é Goemon, um ninja de sangue quente e kiseru com cabelos azuis e peludos, baseado vagamente no lendário ladrão Ishikawa Goemon. O senhor de Oedo pede-lhe que encontre aqueles que mutilaram o Castelo de Oedo. Goemon vive na cidade de Oedo e é amigo de Ebisumaru, um estranho e guloso homem gordo que usa uma bandana azul. Ebisumaru é definido como preguiçoso e pervertido. O seu amigo atirador de kunai Sasuke é um ninja mecânico (feito pelo Sábio de Iga) que gosta de banhos quentes e chá japonês. Arredondando os heróis está Yae, um feroz kunoichi empunhador de espadas, que acontece na banda de Goemon na cidade de Zazen. Os vilões do jogo provêm da organização Peach Mountain Shoguns e incluem um bando de quatro "esquisitos" liderados por Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) e Kitty Lily (Margaret Ranko). Pretendem transformar o Japão num palco para os seus talentos.