NieR

O jogo abre com um prólogo durante o Verão de 2049, numa tempestade de neve. Numa mercearia moderna e destruída, Nier (Jamieson Price) defende os ataques de monstros etéreos para proteger a sua jovem filha doente, Yonah (Heather Hogan). Depois de derrotar os monstros, ele verifica Yonah, que começou a tossir mal. O jogo passa então para 1.312 anos mais tarde, onde o jogador vê o que parecem ser as mesmas duas personagens, agora vivendo numa aldeia construída sobre as ruínas de uma cidade velha. A aldeia de baixa tecnologia é uma de várias, e está rodeada por ruínas mais modernas, tais como os restos de carris de comboio e maquinaria industrial. As áreas entre cidades estão repletas de monstros conhecidos como Sombra que atacam os viajantes.
Como a doença de Yonah, o Rascunho Negro, é terminal, Nier propõe-se a procurar uma cura. Como ele faz, Nier encontra um livro falante, Grimoire Weiss (Liam O'Brien), que sugere que os dois se juntam para usar a magia de Weiss e encontrar uma cura para a doença de Yonah. Na sua busca, encontram Kainé (Laura Bailey), uma espadachim de temperamento quente e de boca suja; e Emil (Julie Ann Taylor), um rapaz de olhos vendados cujos olhos petrificam qualquer pessoa que vejam. Depois de viajar durante algum tempo, a aldeia é atacada por uma sombra gigante; a batalha culmina com Yonah a ser levada por um mestre Sombra que aparece subitamente - o Senhor das Sombras - que leva o seu próprio livro, Grimoire Noir.
O jogo salta então cinco anos para a frente. Nier e os outros tentam encontrar as partes de uma chave que eles acreditam que os ajudará a localizar o Senhor das Sombras e o Grimoire Noir. Após derrotar cinco Sombra e montar a chave, a equipa vai para derrotar o Senhor da Sombra. Aí, Devola e Popola (ambos manifestados por Eden Riegel), personagens que têm estado a guiar Nier na sua busca, parecem tentar detê-los. Eles explicam que, mais de 1300 anos antes, a humanidade enfrentou a extinção devido a uma doença incurável. Numa tentativa de sobreviver, separaram as suas almas dos seus corpos usando Grimoire Noir e Weiss. Criaram clones resistentes à doença, Replicantes, e tencionavam recombinar as almas, ou Gestalts, com os corpos Replicantes uma vez extintos; Devola e Popola foram andróides estabelecidos para supervisionar o projecto. Com o tempo, os Replicantes começaram a formar as suas próprias identidades; enquanto os Gestalts, ou Sombra, tinham crescido agressivos para eles [7].
Nier derrota o par, com Emil a sacrificar-se para garantir o progresso dos seus amigos. O grupo restante derrota então o Senhor das Sombras, e o jogador descobre que ele é a forma Gestalt do Nier do prólogo. Impulsionado para proteger o seu Yonah, ele foi o primeiro Gestalt e combinou-a com o Yonah Replicante. O Yonah original, contudo, diz ao Gestalt Nier que pode ouvir o novo Yonah dentro dela, e que ama o Nier Replicante e merece o corpo da mesma forma [8]. Ela desocupa o corpo, e Nier e Yonah são reunidos.
Se o jogador volta a jogar o jogo, começam logo após o salto de cinco anos. Aprendem sobre o passado de Kainé, incluindo que ela é intersexo, o que juntamente com a morte dos seus pais resultou no seu ostracismo quando criança, e que ela está parcialmente possuída por uma Sombra. O jogador ganha a capacidade de compreender o que as sombras estão a dizer, incluindo a que possui Kainé, embora no jogo Nier, Weiss, e Emil ainda não sejam capazes de o fazer. Também são mostradas cutscenes adicionais, dando as motivações e a história por detrás dos chefes de Sombra que são combatidos e mostrando-os como pessoas sencientes que tentam defender os seus amigos contra Nier. O final da segunda peça mostra que Emil sobrevive ao seu sacrifício, e que Gestalt Nier e Yonah estão reunidos na vida após a morte. Uma terceira passagem apresenta ao jogador uma escolha no final para salvar Kainé, que é visto a morrer em agonia; Nier pode matá-la para acabar com o seu sofrimento, ou sacrificar a sua vida por ela. Esta última escolha não só apaga toda a memória dele da mente das outras personagens, mostrada numa cutscene final, como também elimina todo o progresso salvo do jogador, como se o jogo nunca tivesse sido jogado. Além disso, se o jogador quiser iniciar um novo jogo, não poderá introduzir o mesmo nome escolhido para o jogo anterior para a personagem Nier.