Nier: Automata - Game of the Yorha Edition

A primeira e a segunda jogada seguem as respectivas opiniões de 2B e 9S durante uma invasão inicial. Depois de abrir uma rota para futuras missões, são enviados para eliminar as ameaças de máquinas para a Resistência, liderados por Anemone, que fornece apoio aos dois. Durante as suas missões, a 2B e a 9S descobrem que as máquinas estão a explorar sociedades e conceitos humanos. Os dois trabalham com um grupo de máquinas pacifistas liderado por Pascal; lutam contra Adão e Eva, manifestações físicas da rede de máquinas que revelam que os seus criadores foram destruídos há séculos atrás e encontram A2, um andróide velhaco em fuga de YoRHa. Adão é morto por 2B, depois de capturar 9S. Durante a sua recuperação, 9S descobre uma falha nos servidores de YoRHa quando se sincroniza com 2B, e descobre que a humanidade foi extinta muito antes da invasão alienígena. O seu último remanescente é um servidor baseado na Lua que contém os restos incompletos do genoma da humanidade. YoRHa perpetua o mito da sua sobrevivência para manter a moral e dar aos andróides um "deus" pelo qual lutar. Com Adão morto, Eva enlouquece de desgosto e leva as máquinas sob o seu comando a um frenesim. 2B e 9S matam Eva para acabar com o tumulto, mas 9S fica infectada com o vírus da lógica de Eva, forçando 2B a matá-lo. Contudo, a consciência de 9S sobrevive dentro da rede de máquinas local.

A terceira peça começa quando a YoRHa lança uma invasão em grande escala. Um ataque de vírus lógico activado pela "falha" que a 9S previamente descoberta - corrompe cada unidade YoRHa, incluindo as do Bunker, excepto a 2B e a 9S restaurada. 2B e 9S são separados na sequência, e 2B é infectado com o vírus lógico. Descoberto por A2, 2B carrega as suas memórias na sua espada e pede-lhe que cuide do 9S. Uma ignorante 9S testemunha A2 matando misericordiosamente a 2B e jura vingança sobre ela. Simultaneamente, uma torre criada pelas máquinas ergue-se da terra, separando as duas antes de poderem lutar. A perspectiva divide-se entre A2 e 9S uma quinzena após estes acontecimentos. A2 - a sobrevivente de um teste para a YoRHa- finge empatia com as máquinas; ela testemunha a aldeia de Pascal a ser destruída, depois as suas "crianças" a cometerem suicídio por medo quando atacadas. Pascal pede a A2 que lhe limpe a memória ou que o mate; A2 pode executar qualquer uma das tarefas ou deixá-lo. Uma 9S cada vez mais desequilibrada investiga as plataformas de recolha de recursos da torre, os restos de máquinas de combate e a aprendizagem da torre é concebida para lançar um míssil no servidor da Lua. Ambos acabam por entrar na torre, com Devola e Popola a sacrificarem-se para a abrir.