Pokémon Emerald Version

Tanto a Team Magma como a Team Aqua são apresentadas como as equipas vilãs, cada uma agitando problemas em diferentes fases do jogo. O objectivo de cada equipa, de despertar Groudon e Kyogre, respectivamente, é eventualmente cumprido.
Rayquaza é proeminente, despertado para parar a batalha destrutiva entre Groudon e Kyogre. É agora o dos três antigos Pokémon que pode ser apanhado antes do desafio Elite Quatro, enquanto ainda no mesmo lugar e ao mesmo nível elevado que em Ruby e Sapphire.